Vliv fixačních činidel na kvalitu a kvantitu nukleových kyselin v archivovaných vzorcích tkání

• Thesis title in Czech: Vliv fixačních činidel na kvalitu a kvantitu nukleových kyselin v archivovaných vzorcích tkání
• Thesis title in English: The effect of fixatives on DNA quality and quantity in archival tissue specimen
• Key words: FFPE, formaldehyd, kvalita, DNA, fixace
• English key words: FFPE, formaldehyde, quality, DNA, fixation
• Academic year of topic announcement: 2015/2016
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: RNDr. Daniel Vaněk, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 03.03.2016
• Date of assignment: 02.05.2016
• Date of electronic submission: 15.08.2016
• Date of proceeded defence: 13.09.2016
• Opponents: RNDr. Roman Šolc, Ph.D.

Preliminary scope of work

V této práci bude zkoumán vliv různých variant fixačního roztoku formaldehydu (ředění roztoku, přítomnost pufru či kyseliny mravenčí) a délky fixace na míru fragmentace DNA získané z fixovaných tkání, a to metodou kvantitativní polymerázové řetězové reakce, fluorescenčním stanovením koncentrace DNA a pomocí čipové elektroforézy na přístroji bioanalyzér Agilent 2100. Kvalita a kvantita izolované DNA bude následně otestována také při stanovení DNA profilu pro identifikační účely analýzou STR (tandemová opakování krátkých motivů).

Preliminary scope of work in English

The aim of this study is to investigate the influence of different formaldehyde solutions (dilution, buffered, with formic acid) and fixation times on the level of DNA fragmentation from the fixated tissues using quantitative polymerase chain reaction, fluorescent based quantitation and chip electrophoresis on Agilent Bioanalyzer 2100. The quality and quantity of extracted DNA will be tested by the multiplex STR analysis (Short tandem repeats).