Faktory ovlivňující složení mikrobiálních společenstev vázaných na ekologicky významné kůrovce

• Thesis title in Czech: Faktory ovlivňující složení mikrobiálních společenstev vázaných na ekologicky významné kůrovce
• Thesis title in English: Factors shaping microbial communities of ecologically important bark beetles
• Key words: kůrovci, houby, bakterie, geosmithia, ophiostoma, Pinaceae, mikrobialni společenstva
• English key words: bark beetles, fungi, bacteria, ophistoma, geosmithia, pinaceae, microbial communities
• Academic year of topic announcement: 2015/2016
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: Mgr. Miroslav Kolařík, Ph.D.

Preliminary scope of work

Abstrakt. Lýkožraví kůrovci žijí v symbióze s různými druhy mikrobů. Často přenáší patogenní houby, které působí velké škody v lesních porostech. Celková diverzita mikrobů asociovaných s kůrovci není dosud známa stejně jako hlavní faktory, které utváří její složení. Životní cyklus jednotlivých mikrobů je málo znám a údaje o konzistenci jejich výskytu a specificitě jsou rozporuplné. Podle složení houbové složky společenstva lze kůrovce rozdělit na skupinu, kde dominují tzv. ophiostomatální houby a skupinu s převahou hub rodu Geosmithia. Komplexnější údaje o složení bakteriálního společenstva chybí. Naším cílem je, za použití masivního paralelního sekvencování, odhalit ekologické proměnné zodpovědné za výše uvedené členění. Metody nezávislé na kultivaci a analýza velkého množství vzorků umožní testovat vliv ekologických proměnných na složení mikrobiálního společenstva vybraných kůrovců. Konkrétně budeme studovat vliv proměnných, kterými se liší jednotlivé niky kůrovců (např. hostitelská dřevina, vlhkost atd.), alelopatické vlastnosti dominantních mikrobů a jejich fyziologické schopnosti.
Cíle projektu. Hlavním cílem je odhalit vliv ekologických faktorů a mikrobiálních interakcí na zásadní rozdíly v mikrobiálních společenstvech asociovaných s lesnicky významnými kůrovci v Evropě. K podchycení celé komplexity mikrobiálního společenstva budou použity metody masivního paralelního sekvencováni

Práci je možno řešit jako bakalářskou, která bude zahrnovat převážně literární rešerši.

Preliminary scope of work in English

Abstract.Phloem-feeding bark beetles live in symbiosis with various microbiota. They frequently vector tree-pathogenic fungi and cause significant damage to forest ecosystems. Little is known about the whole diversity of their associated microbial communities and factors determining their composition. Moreover consistency of this association have often come under scrutiny due to inconsistent reports. Bark beetles can be divided into two groups based on the prevalence of either ophiostomatoid fungi or genus Geosmithia in the associated fungal communities. No information regarding similar split in bacterial taxa was reported. Our aim is to study the forces responsible for observed compositional patterns by the means of high-throughput sequencing. This should allow us to minimize the effect culture-dependent biases and test several ecological variables in regard to given community composition. Specifically we will study effects of variables related to the particular beetle niche (e.g. host tree, moisture), allelopathic interactions between dominant microbes and their physiological abilities.
Cíle projektu anglickyMain goal is by using culture independent methods of high-throughput sequencing to disentangle effect of ecological variables and community interactions on macro-scale differences in microbial community composition associated with bark beetles of importance for forest ecosystems in Europe.