Využití nekorelovaných vícebodových farmakoforových otisků při virtuálním screeningu
| Thesis title in Czech: | Využití nekorelovaných vícebodových farmakoforových otisků při virtuálním screeningu |
|---|---|
| Thesis title in English: | Utiliziation of uncorrelated multi-point pharmacophores in virtual screening |
| Key words: | famakofor, virtuální screening, počítačový vývoj léčiv |
| English key words: | pharmacophore, virtual screening, computational drug discovery |
| Academic year of topic announcement: | 2015/2016 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | čeština |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 06.11.2015 |
| Date of assignment: | 10.11.2015 |
| Confirmed by Study dept. on: | 24.11.2015 |
| Date and time of defence: | 08.09.2016 00:00 |
| Date of electronic submission: | 27.07.2016 |
| Date of submission of printed version: | 28.07.2016 |
| Date of proceeded defence: | 08.09.2016 |
| Opponents: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Guidelines |
| Cílem práce je vybudovat metodu, která bude rozšířením nedávno publikované metody využití farmakoforových otisků molekul pro 2D virutální screening. Tato metoda je založena na popisu molekul na základě předem definované množiny farmokoforů. Otisk molekuly je tvořen informací o tom, které farmakofory z dané množiny jsou v molekule přítomny. Základní množina farmakoforů je specifická pro daný makromolekulární cíl a k jejímu vytvoření je použita statistická metoda, která rozhoduje, které farmakofory mají potenciál rozlišit aktivních a neaktivních molekul. Cílem práce je rozšíření této metody ve dvou aspektech: 1) implementovat metodu pro odfiltrování korelovaných farmakoforů a 2) implementovat schopnost využít farmakofory libovolné velikosti (původní metoda využívá pouze 3-bodové farmakofory). Oba aspekty vyžadují implementaci příslušné modifikace a její vyhodnocení virtuálním screeningem vzhledem k výsledkům původní metody na stejných nebo podobných datových sadách. |
| References |
| [1] David Hoksza, Petr Škoda. 2D Pharmacophore Query Generation. ISBRA, Central South University, Zhangjiajie, China, Springer, 2014
[2] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [3] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 [4] Rajarshi Guha, Andreas Bender. Computational Approaches in Cheminformatics and Bioinformatics. Wiley, 2014 |
| Preliminary scope of work |
| The goal of the thesis is to build an extension of a previously built pharmacophore fingerprint method for ligand-based virtual screening. The method is built on description of molecules based on predefined set of pharmacophores. A molecular fingerprint is formed using an information about which pharmacophores from the given set are present in a molecule. The basic set of pharmacophores is specific to given macromolecular target and it is built with a statistics method which detects which pharmacophores are able to separate active and inactive molecules. The thesis should extend this method in two ways: 1) implementation of a method for filtering out correlated pharmacophores and 2) implement the ability to utilize pharmacophores of arbitrary size (the original method used 3-point pharmacophores only). Both modifications require implementation of that modification and its evaluation using virtual screening and its comparison with the original method on similar or identical data sets. |