Hierarchical visualization of the chemical space
| Thesis title in Czech: | Hierarchická vizualizace chemického prostoru |
|---|---|
| Thesis title in English: | Hierarchical visualization of the chemical space |
| Key words: | chemoinformatika; chemický prostor; vizualizace molekul |
| English key words: | cheminformatics; chemical space; molecular visualization |
| Academic year of topic announcement: | 2014/2015 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 09.07.2015 |
| Date of assignment: | 22.09.2015 |
| Confirmed by Study dept. on: | 08.06.2016 |
| Date and time of defence: | 13.09.2016 09:00 |
| Date of electronic submission: | 28.07.2016 |
| Date of submission of printed version: | 28.07.2016 |
| Date of proceeded defence: | 13.09.2016 |
| Opponents: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Guidelines |
| Cílem práce je navrhnout a implementovat přístup k hierarchické vizualizaci chemického prostoru. Chemickým prostorem můžeme rozumět množinu všech myslitelných chemických sloučenin, ovšem typicky se zaměřujeme pouze na malé sloučeniny zhruba do 30 atomů. Chemické sloučeniny nelze jednoduše reprezentovat v 2D prostoru, ale lze je popsat jejich charekteristickými vlastnostmi a na jejich základě mezi nimi definovat podobnost. Tento popis a podobnost mohou být pak využity k projekci molekul do 2D prostoru pomocí metod jako je PCA nebo multidimesional scaling. Tyto vizualizace však lze použít pouze pro relativně malou sadu sloučenin a nejsou vhodné k reprezentaci celého prostoru. V rámci práce bude třeba vytvořit hierarchii chemických sloučenin, která umožní přehlednou vizualizaci libovolně velké sady sloučenin, potenciálně pak celého prostoru. Hierarchie může být vytvořena několika způsoby, například pomocí metod hierarchického shlukování nebo metod tzv. molekulárních scaffoldů. Součástí diplomové práce bude návrh těchto přístupů a jejich implementace do interaktivní vizualizační aplikace. |
| References |
| [1] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010
[2] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 [3] Rajarshi Guha, Andreas Bender. Computational Approaches in Cheminformatics and Bioinformatics. Wiley, 2014 |