Thesis (Selection of subject)Thesis (Selection of subject)(version: 368)
Thesis details
   Login via CAS
Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Thesis title in Czech: Využití metod next-generation sekvenování pro rekonstrukci fylogeneze polyploidních rostlin
Thesis title in English: Application of next-generation sequencing for phylogenetic reconstruction of polyploid plants
Key words: 454 pyrosekvenování, Illumina, PacBio, RAD-Seq, Hyb-Seq, RNA-Seq, polyploidie, hybridizace
English key words: 454 pyrosequencing, Illumina, PacBio, RAD-Seq, Hyb-Seq, RNA-Seq, polyploidy, hybridization
Academic year of topic announcement: 2014/2015
Thesis type: Bachelor's thesis
Thesis language: čeština
Department: Department of Botany (31-120)
Supervisor: Mgr. Tomáš Fér, Ph.D.
Author: Mgr. Jana Skopalíková - assigned by the advisor
Date of registration: 26.11.2014
Date of assignment: 26.11.2014
Date of electronic submission:14.08.2015
Date of proceeded defence: 10.09.2015
Opponents: RNDr. Gabriela Šrámková, Ph.D.
 
 
 
Preliminary scope of work
Práce formou rešerše shrne aktuálně používané metody next-generation sekvenování (NGS). Práce se zaměří především na metody, které se používají při konstrukci fylogenetických hypotéz, shrne jejich výhody a nevýhody a uvede příklady jejich aplikací (např. formou tabulky). Dále budou shrnuty specifika studia fylogeneze polyploidních skupin rostlin, krátce zhodnoceny klasické molekulární techniky používané v minulosti a bude diskutováno, v čem je přínos (ale také úskalí) použití právě NGS metod.
Preliminary scope of work in English
Thesis is a bibliographic search about actually used next-generation sequencing methods (NGS). Thesis will especially focus on methods applied in phylogenetics and summarizes their advantages and disadvantages. Summary of applications will be included as a table. Moreover, specificity of phylogenetics of polyploid plant species will be summarised. One chapter will recapitulate traditional molecular techniques and especially their applications in phylogenetics of polyploids. Finally, contribution and pitfalls of NGS methods especially in polyploid research will be discussed.
 
Charles University | Information system of Charles University | http://www.cuni.cz/UKEN-329.html