Properties and interactions of nucleoproteins studied by advanced lifetime-based imaging methods

• Thesis title in Czech: Studium vlastností a interakcí nukleoproteinů pomocí pokročilých metod časově rozlišené fluorescenční mikroskopie
• Thesis title in English: Properties and interactions of nucleoproteins studied by advanced lifetime-based imaging methods
• Key words: homoFRET|heteroFRET|zobrazování pomocí anizotropie|FLIM|oligomerizace|nukleoproteiny
• English key words: homoFRET|heteroFRET|anisotropy imaging|FLIM|oligomerization|nucleoproteins
• Academic year of topic announcement: 2019/2020
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: angličtina
• Department: Institute of Physics of Charles University (32-FUUK)
• Supervisor: prof. RNDr. Petr Heřman, CSc.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 29.10.2019
• Date of assignment: 29.10.2019
• Confirmed by Study dept. on: 27.11.2019
• Date and time of defence: 15.06.2022 09:00
• Date of electronic submission: 05.05.2022
• Date of submission of printed version: 05.05.2022
• Date of proceeded defence: 15.06.2022
• Opponents: RNDr. Jan Krůšek, CSc.
• Advisors: RNDr. Aleš Holoubek, Ph.D.

Guidelines

1. Prostudovat určenou literaturu a sepsat rešerši.
2. Seznámit se s konfokálním fluorescenčním mikroskopem a zvládnout metodiku FLIM, FRET, homoFRET.
3. Zvládnout metodiku kultivace buněk se značeným NPM.
4. Získat, vyhodnotit a interpretovat buněčná FRET-FLIM data včetně vhodných kontrol.
6. Sepsat práci.

References

1) Lakowicz JR,Principles of fluorescence spectroscopy, Third edition. Springer, New York, 2006
2) W. Becker, Advanced Time-Correlated Single Photon Counting Techniques Springer, Berlin, 2005
3) Kapusta, P., Wahl, M. and Erdmann, R. (Eds.), Advanced Photon Counting: Applications, Methods, Instrumentation, Springer International Publishing, London, 2015
4) Herman P, Lakowicz JR Lifetime-based imaging. In Biomedical Photonics Handbook, Second Edition :Fundamentals, Devices, and Techniques, Vo-Dingh T (ed), New York, CRC Press, 2014, 353-396
5) Soubor původních prací (Bude upřesněno).

Preliminary scope of work

Poruchy interakcí a oligomerizace jaderných a jadérkových proteinů často souvisí s jejich chybnou buněčnou lokalizací a následně se závažnými patogenními stavy. Nukleofosmin patří k vysoce zastoupeným proteinům jadérka putujícím mezi jadérkem, jádrem a cytoplazmou. Jeho schopnost oligomerizace je kritická pro správnou interakci s četnými vazebnými partnery, např. s proteiny signální kaskády spuštění programované buněčné smrti. Mutace, fúze nebo zvýšená úroveň exprese NPM úzce koreluje s výskytem nádorových onemocnění a leukémií.
Práce bude zaměřena především na oligomerizaci a interakce nukleofosminu, jeho mutovaných forem a fragmentů v živých buňkách.
Chování nukleofosminu značeného vhodnými fluorescenčními proteiny bude sledováno moderními metodami časově rozlišené fluorescenční konfokální mikroskopie (FLIM, FRET-FLIM, polarizovaný FLIM). Měření budou prováděna v laboratořích FÚ ve spolupráci s Ústavem hematologie a krevní transfuze v Praze.