Databázová predikce vedleších účinků malých molekul
| Thesis title in Czech: | Databázová predikce vedleších účinků malých molekul |
|---|---|
| Thesis title in English: | Database prediction of small molecules side effects |
| Key words: | protein; protein-ligand interakce; predikce |
| English key words: | protein; protein-ligand interaction; prediction |
| Academic year of topic announcement: | 2014/2015 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 29.09.2014 |
| Date of assignment: | 29.09.2014 |
| Confirmed by Study dept. on: | 20.11.2014 |
| Guidelines |
| Prakticky každý proces v živých organismech je zajišťován promocí proteinů. Proteiny vykonávají svoji funkci buď vázáním se na další proteiny (protein-protein interakce), nebo na malé molekuly, tzv. ligandy (protein-ligand interakce). Mezi malé molekuly se také řadí naprostá většina léčiv, jejichž funkce je zajišťována právě pomocí protein-ligand interakcí. Predikce míst, kam se může ligand vázat, napomáhá k odhadu možných vedlejších účinků dané látky. Je-li k dispozici databáze známých protein-ligand aktivních míst, pak ji lze využít pro identifikaci vedlejších účinků. Vstupem problému je existující protein-ligand komplex a výstupem je pak seznam aktivních míst databázových proteinů, kam by se ligand mohl také vázat. Cílem práce je pak navrhnout a otestovat algoritmus, který pomocí distribuce fyzikálně-chemických vlastností popíše aktivní místo dotazovaného protein-ligand komplexu a tento popis pak využije jako dotaz do databáze. |
| References |
| [1] Jones, N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[2] Liljas, A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009 [3] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [4] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 |