Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur
| Thesis title in thesis language (Slovak): | Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur |
|---|---|
| Thesis title in Czech: | Vizualizace sekundární struktury RNA s využitím existujících struktur |
| Thesis title in English: | RNA secondary structure visualization using existing structures |
| Key words: | RNA, sekundárna štruktúra, vizualizácia, konzervovanosť |
| English key words: | RNA, secondary structure, visualization, conservation |
| Academic year of topic announcement: | 2014/2015 |
| Thesis type: | Bachelor's thesis |
| Thesis language: | slovenština |
| Department: | Department of Software Engineering (32-KSI) |
| Supervisor: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Author: | Mgr. Richard Eliáš - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 26.09.2014 |
| Date of assignment: | 26.09.2014 |
| Confirmed by Study dept. on: | 18.11.2014 |
| Date and time of defence: | 08.09.2016 00:00 |
| Date of electronic submission: | 28.07.2016 |
| Date of submission of printed version: | 28.07.2016 |
| Date of proceeded defence: | 08.09.2016 |
| Opponents: | Mgr. Jan Jelínek |
| Guidelines |
| Cílem práce je implementace metody schopné vizualizovat velké (v řádu tisíců nukleotidů) RNA molekuly. Obecně je vizualizace velkých RNA molekul obtížná a existující algoritmy jsou vesměs časově velice náročné. Naimplementovaná metoda by měla řešit problém využíváním existujících vizualizací struktur jako šablon. Na částech vizualizované RNA, kde se bude struktura shodovat se strukturou stávající bude použita vizualizace ze šablony a na zbytku struktury bude dopočítána. Součástí práce by měl být jak konkrétní návrh algoritmu (identifikace konzervovaných částí RNA struktury s neznámou vizualizací a vzorové RNA sturktury, doplnění neznámých částí) tak vývoj nástroje implementujícího daný algoritmus. |
| References |
| [1] Shihyen Chen, Kaizhong Zhang. An improved algorithm for tree edit distance with applications for RNA secondary structure comparison. Journal of Combinatorial Optimization, 27(4), pp. 778-797, 2012.
[2] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004 [3] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009 |