Díky moderním sekvenačním technologiím je dnes snadné získat populačně genomická data i pro nemodelové organismy. Taková data nám dovolují nahlédnout do evoluční historie jednotlivých druhů a objasnit genetické procesy, které jsou zodpovědné za vznik a rozrůzňování nových druhů. Příliv genomických dat s sebou přinesl i rozvoj rozmanitých populačně genomických a statistických přístupů, které lze využít ke studiu genetických aspektů speciace. Jejich shrnutí bude hlavním cílem nabízené bakalářské práce. Tyto přístupy zahrnují například analýzu genetické diferenciace a divergence podél genomu, identifikaci genomových oblastí se sníženou mírou mezidruhové introgrese, kvantitativní mapování znaků podmiňujících reprodukční izolaci v přírodních hybridních populacích či identifikaci lokusů odpovědných za vznik druhově specifických adaptací. V navazující diplomové práci student využije některé z těchto metod ke studiu genomických aspektů speciace u dvou druhů slavíků, slavíka obecného a slavíka tmavého, jejichž studiem se v naší laboratoři dlouhodobě zabýváme (http://web.natur.cuni.cz/~radkas/).
Preliminary scope of work in English
Thanks to modern sequencing technologies, it is nowadays easy to obtain population genomic data for non-model organisms. Such data allows us to inspect the evolutionary history of individual species and to clarify the genetic processes that are responsible for the emergence and diversification of new species. The rise in genomic data has also brought the development of diverse population-genomic and statistical approaches that can be used for studing the genetic aspects of speciation. Their summary will be the main aim of the offered bachelor thesis. These approaches include, for example, analysis of genetic differentiation and divergence along the genome, identification of genomic regions with reduced rate of interspecific introgression, quantitative mapping of the markers conditioning reproductive isolation in natural hybrid populations, or identification of loci responsible for species-specific adaptations. In the follow-up diploma thesis, the student will use some of these methods to study the genomic aspects of speciace in two species of Nightingales, Common Nightingales and Trash Nightingale studying in our laboratory for a long time (http://web.natur.cuni.cz/~radkas/).
- assigned by the advisor