1.Fylogeneze rodu Claviceps. Bude provedena multilokusová analýza (plánována je sekvenace 5 lokusů: ITS-nrDNA, TEF, beta-tubulin, RPB2, Mcm7), konstrukce fylogenetického stromu z konkate-novaných dat metodou maximum likelihood (s použitím programu GARLI), molekulární datování divergencí bude provedeno programem BEAST, založeným na koalescenci s použitím substitučních rychlostí příbuzných hub které byly kalibrovány na fosilie. Podle možnosti budou doplněny i znalosti o alkaloidech, produkovaných v rámci skupin sesterských druhů. 2. Kryptické druhy v rámci původního konceptu C. purpurea existence toku genů mezi těmito skupinami: Douhan et al. 2008 na malém počtu izolátů nalezli, že jsou nejspíše již geneticky izolovány, ale ve sbírce MBÚ je mnohem reprezentativnější soubor izolátů napříč Evropou i nejrůznějšími hostitelskými druhy. Bude použit multilokusový přístup a populačně genetická analýza genového toku mezi populacemi (programy Arlequin, DNAsp). Vnitrodruhová diverzita, zejména u C. purpurea sensu stricto – G1:Vztah typu produkovaných alkaloidů a genetické diverzity (chemorasy versus možná specificita na hostitele nebo biotop) bude studován na monosklerociálních izolátech, kdy z poloviny sklerocia je získána čistá kultura a poté se stanoví obsah alkaloidů ve druhé polovině sklerocia. Sběry sklerocií se soustředí jednak na pole a jejich okolí (stanovení rozdílů mezi populací z obilného pole a sousedních trav), jednak na horské lokality, kde se vyskytují izoláty s atypicky velkými konidiemi, které mohou představovat specifickou populaci. Genetická variabilita bude stanovena pomocí sekvencí hypervariabilních úseků DNA (v sousedství mikrosatelitů) a bude posouzen její vztah k typu produkovaných alkaloidů v původním sklerociu. Podle možnosti budou také testovány primery na amplifikaci specifických domén v obou NRPS, protože typ produkovaných alkaloidů může být ovlivněn nejen strukturou domény, ale i zastoupenim dosažitelných aminokyselin v buněčném poolu (Riederer et al. 1996).Lokality:V rámci rodu Claviceps není žádný chráněný druh, jde o obecně se vyskytující houby a ke sběrům není třeba povolení. Mimoevropské druhy byly dosud získávány spoluprací na základě osobních kontaktů školitelky. Financování:Grant GAČR 13-00788S, 2013-2017 Rámcový časový plán:V prvním roce budou analyzovány pro obě části projektu izoláty z rozsáhlé sbírky MBÚ (hlavně sekvenace a sestavování datasetů). Průběžně bude probíhat sběr sklerocií pro porovnání polní a sousední travní populace – lokality záleží na sezónním výskytu námele v daném roce. Publikační výstupy:- Populační a alkaloidová diversita kryptických druhů uvnitř C. purpurea - Nové tropické druhy rodu Claviceps- Multilokusová datovana rekonstrukce evoluce v rodě Claviceps
- assigned by the advisor