Rekonstrukce morfologické evoluce a fylogenetických vztahů šupinatých chrysomonád rodu Mallomonas

• Thesis title in Czech: Rekonstrukce morfologické evoluce a fylogenetických vztahů šupinatých chrysomonád rodu Mallomonas
• Thesis title in English: Reconstructing the evolution and fylogenetic relationships of silica-scaled chrysophyte genus Mallomonas
• Key words: fylogeneze, morfologie, evoluce, zlativky
• English key words: phylogeny, morphology, evolution, chrysophytes
• Academic year of topic announcement: 2013/2014
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Botany (31-120)
• Supervisor: doc. Mgr. Pavel Škaloud, Ph.D.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 08.10.2013
• Date of assignment: 22.12.2013
• Date of electronic submission: 14.08.2015
• Date of proceeded defence: 15.09.2015
• Opponents: Mgr. Eliška Záveská, Ph.D.

Preliminary scope of work

Základní data
· Rod Mallomonas představuje běžně se vyskytující a druhově velmi bohatý rod zlativek (v současnosti je popsáno okolo 180 druhů)
· Taxonomie rodu je založena na morfologii křemičitých šupin, pozorovaných v elektronovém mikroskopu
· Molekulární data jsou známa pouze u 28 z přibližně 190 popsaných druhů. Ty navíc v naprosté většině pocházejí z kmenů izolovaných v JV Asii

Cíle práce
· Zpřesnit naše představy o evoluci rodu Mallomonas získáním molekulárních dat z dosud nenasekvenovaných druhů
· Porovnat genetickou uniformitu Evropských a Asijských izolátů stejných, morfologicky definovaných druhů (tj., test robustnosti druhového konceptu)
· Časově nakalibrovat evoluční historii rodu analýzou publikovaných fosilních dat
· Studovat evoluci tvaru šupin, časově nakalibrovat hlavní morfologické transformace v evoluční historii rodu
· Posoudit míru kryptické diverzity posouzením genetické variability druhu M. caudata

Metodika
· Sběr vzorků a izolace kmenů z lokalit ve střední Evropě (preferenčně ČR)
· Izolace DNA, sekvenování SSU rDNA, rbcL a LSU rDNA u nově izolovaných druhů
· Single-cell PCR markeru ITS rDNA u environmentálních kmeů druhu M. caudata
· Multigenové fylogenetické analýzy (MrBayes, Garli, PAUP, BEAST)
· Mapování evoluce tvaru (R, BayesTraits, Mesquite, TreeGradients)