Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu

• Thesis title in Czech: Explorace chemického prostoru za pomoci scaffold hoppingu
• Thesis title in English: Scaffold hopping-based exploration of chemical space
• Key words: cheminformatika, chemický prostor, scaffold
• English key words: cheminformatics, chemical space, scaffold
• Academic year of topic announcement: 2012/2013
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Software Engineering (32-KSI)
• Supervisor: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 31.10.2012
• Date of assignment: 31.10.2012
• Confirmed by Study dept. on: 27.11.2012
• Date and time of defence: 08.09.2014 09:30
• Date of electronic submission: 31.07.2014
• Date of submission of printed version: 31.07.2014
• Date of proceeded defence: 08.09.2014
• Opponents: Mgr. Radoslav Krivák, Ph.D.

Guidelines

Návrh a implementujte algoritmu, který bude umožňovat procházení prostoru chemických sloučenin pomocí techniky scaffold hopping, kdy je molekula reprezentována zjednodušenou formou (scaffoldem). Scaffoldy lze definovat s různou úrovní granularity a složitost procházení prostoru je pak dána granularitou scaffoldu. Součástí práce bude definice různých úrovní scaffoldů a na každé z nich implementace procházení prostoru pomocí morfovacích operátorů (viz. existující algoritmus Molpher). Následně bude ověřena schopnost nalezení cesty v chemickém prostoru jak pomocí stávající explorační metody Molpher tak metody obohacené o scaffold hopping.

References

[1] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender: Handbook of Chemoinformatics Algorithms, Chapman & Hall, 2010
[2] Johann Gasteiger, Thomas Engel: Chemoinformatics: A Textbook, Wiley, 2003
[3] D. Hoksza, D. Svozil: Exploration of Chemical Space by Molecular Morphing. IEEE International Conference on Bioinformatics & Bioengineering 2011, Taiwan, ISBN 978-0-7695-4391-8, pp. 201-208.