Role sestřihových faktorů v regulaci genové exprese – vztah sestřihu a transkripce v Saccharomyces cerevisiae

• Thesis title in Czech: Role sestřihových faktorů v regulaci genové exprese – vztah sestřihu a transkripce v Saccharomyces cerevisiae
• Thesis title in English: Splicing Factors in the Regulation of Gene Expression - the Relationship Between Splicing and Transcription in Saccharomyces cerevisiae
• Key words: Prp45, PHO, methylace
• English key words: Prp45, PHO, methylation
• Academic year of topic announcement: 2011/2012
• Thesis type: dissertation
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Genetics and Microbiology (31-140)
• Supervisor: doc. RNDr. Petr Folk, CSc.
• Author: hidden - assigned by the advisor
• Date of registration: 07.10.2011
• Date of assignment: 07.10.2011
• Date and time of defence: 18.09.2019 09:00
• Date of electronic submission: 06.05.2019
• Date of proceeded defence: 18.09.2019
• Opponents: RNDr. Martin Pospíšek, Ph.D.
• Advisors: doc. RNDr. František Půta, CSc.

Preliminary scope of work

Vztahy mezi iniciací a elongací transkripce, modifikacemi chromatinu a úpravami pre-mRNA (např. sestřihem) jsou dosud nedostatečně poznány. Mezi studované faktory, které spřahují tyto procesy, patří proteiny Prp45/SNW1/SKIP, které fungují jako koregulátory transkripčních faktorů a jako komponenty spliceosomu. Dvě možné regulační úlohy pro Prp45/SNW1/SKIP jsou podporovány recentními nálezy: 1) funguje v rámci komplexu pozitivního elongačního faktoru P-TEFb (nebo s orthologními komplexy u nižších eukaryot) během transkripce RNA polymerázou II a 2) působí ve spojení s jedním ze sestřihových subkomplexů (NTC komplex) ve spliceosomu při sestřihu pre-mRNA.
Cílem projektu je přispět k poznání konkrétních mechanismů spřažení maturace mRNA, regulace transkripce a buněčného cyklu, a to s využitím nových původních výsledků laboratoře popisujících genetické vztahy mezi faktory modifikujícími chromatin a sestřihovými faktory. Pro dosažení našeho cíle využijeme chromatinové imunoprecipitace a technik sledování exprese a sestřihu, včetně celogenomových, a budeme charakterizovat úlohu PRP45 a genů s ním interagujících při vzniku a udržování chromatinových modifikací spjatých s iniciací a elongací transkripce reporterových genů. Budeme analyzovat dopad odstranění intronu na expresi daného genu a její regulaci/regulovatelnost, jakožto i na profily relevantních typů modifikací chromatinu. Budeme rovněž mapovat vliv manipulací s genem PRP45 na funkčnost různých typů heterochromatinu v buňce. V rámci projektu budou využity různé techniky sledování sestřihu in vivo a genetické nástroje dostupné u modelu S. cerevisiae. Využijeme rovněž biochemických technik pro bližší popis funkčně důležitých protein-protein a protein-RNA interakcí.