Simulation of processes in cellular membranes
| Thesis title in Czech: | Simulace procesů v buněčných membránách |
|---|---|
| Thesis title in English: | Simulation of processes in cellular membranes |
| Key words: | orientace fluorescenčních sond, lineární dichroismus, dipólový moment přechodu, molekulární dynamika |
| English key words: | orientation of fluorescent probes, linear dichroism, transition dipole moment, molecular dynamics |
| Academic year of topic announcement: | 2011/2012 |
| Thesis type: | diploma thesis |
| Thesis language: | angličtina |
| Department: | Department of Chemical Physics and Optics (32-KCHFO) |
| Supervisor: | prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. |
| Author: | hidden - assigned and confirmed by the Study Dept. |
| Date of registration: | 21.09.2011 |
| Date of assignment: | 09.02.2012 |
| Confirmed by Study dept. on: | 16.02.2012 |
| Date and time of defence: | 28.05.2013 00:00 |
| Date of electronic submission: | 11.04.2013 |
| Date of submission of printed version: | 12.04.2013 |
| Date of proceeded defence: | 28.05.2013 |
| Opponents: | prof. Jiří Pittner, DSc., Dr. rer. nat. |
| Guidelines |
| 1.Prostudování určené literatury:
a)simulace molekulové dynamiky b)ab-initio výpočty c)biofyzika membránových systémů 2.Sepsání rešerše 3.Osvojení základních metodik molekulárně-dynamických simulací a ab-initio výpočtů, použití a vývoj algoritmů pro grafickou analýzu výsledků simulací 4.Praktické zvládnutí práce s programy GROMACS, AMBER, GAUSSIAN, DALTON 5.Molekulárně-dynamické simulace fluorescenční molekuly ukotvené ve fosfolipidové membráně 6.Ab-initio výpočty jedno- a dvoufotonové absorpce a fluorescence molekuly z bodu 5) 7.Diskuze výsledků ve vztahu k experimentům fluorescenční mikroskopie a sepsání diplomové práce |
| References |
| 1.D. Chandler: Introduction to Modern Statistical Mechanics, Oxford University Press 1987
2.C. J. Cramer: Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, Wiley 2002 3.M. P. Allen, D. J. Tildesley: Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press 1987 4.D. P. Craig, T. Thirunamachandran, Molecular Quantum Electrodynamics: An Introduction to Radiation-Molecule Interactions, Courier Dover Publications 1998 5.B. Alberts, A. Johnson, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts, and Peter Walter: Molecular Biology of the Cell, Garland Science 2002 |