Multiple sequence alignment pomocí genetických algoritmů

• Thesis title in Czech: Multiple sequence alignment pomocí genetických algoritmů
• Thesis title in English: Multiple sequence alignment using genetic algorithms
• Key words: sequence alignment, genetický algoritmus, motif
• English key words: sequence alignment, genetic algorithm, motif
• Academic year of topic announcement: 2010/2011
• Thesis type: diploma thesis
• Thesis language: čeština
• Department: Department of Software and Computer Science Education (32-KSVI)
• Supervisor: RNDr. František Mráz, CSc.
• Author: hidden - assigned and confirmed by the Study Dept.
• Date of registration: 29.06.2011
• Date of assignment: 29.06.2011
• Confirmed by Study dept. on: 08.07.2011
• Date and time of defence: 21.05.2012 12:30
• Date of electronic submission: 12.04.2012
• Date of submission of printed version: 12.04.2012
• Date of proceeded defence: 21.05.2012
• Opponents: Mgr. Klára Pešková, Ph.D.

Guidelines

Současný alignment většího počtu sekvencí DNA, resp. proteinů, je velmi důležitou úlohou bioinformatiky. Kvůli její vysoké složitosti se na její řešení používají různé aproximativní metody. Diplomant navrhne řešení tohoto problému pomocí genetických algoritmů, s tím, že využije techniky navržené původně pro hledání motifů. Navržený algoritmus bude implementován a porovnán s vybranými algoritmy na benchmarkových datech.

References

Notredame, C., Higgins, D.: SAGA: sequence alignment by genetic algorithm. Nucleic Acids Res. 1996, 24:1515-1524.

Michalewicz, Z.: Genetic Algorithms + Data Structures = Evolution Programs, Springer-Verlag, New York, 1999.

Rausch, T., Emde, A.-K., Weese,D., Döring, A., Notredame, C. and Reinert, K.: Segment-based multiple sequence alignment. Bioinformatics (2008) 24 (16): i187-i192.

Reyes-Rico, C.: Finding DNA Motifs Using Genetic Algorithms. Proceedings of the Fifth Mexican International Conference on Artificial Intelligence. 2006, 331-339.