Properties and interactions of nucleoproteins studied by advanced lifetime-based imaging methods

• Název práce v češtině: Studium vlastností a interakcí nukleoproteinů pomocí pokročilých metod časově rozlišené fluorescenční mikroskopie
• Název v anglickém jazyce: Properties and interactions of nucleoproteins studied by advanced lifetime-based imaging methods
• Klíčová slova: homoFRET|heteroFRET|zobrazování pomocí anizotropie|FLIM|oligomerizace|nukleoproteiny
• Klíčová slova anglicky: homoFRET|heteroFRET|anisotropy imaging|FLIM|oligomerization|nucleoproteins
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
• Vedoucí / školitel: prof. RNDr. Petr Heřman, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 29.10.2019
• Datum zadání: 29.10.2019
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.11.2019
• Datum a čas obhajoby: 15.06.2022 09:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 05.05.2022
• Datum odevzdání tištěné podoby: 05.05.2022
• Datum proběhlé obhajoby: 15.06.2022
• Oponenti: RNDr. Jan Krůšek, CSc.
• Konzultanti: RNDr. Aleš Holoubek, Ph.D.

Zásady pro vypracování

1. Prostudovat určenou literaturu a sepsat rešerši.
2. Seznámit se s konfokálním fluorescenčním mikroskopem a zvládnout metodiku FLIM, FRET, homoFRET.
3. Zvládnout metodiku kultivace buněk se značeným NPM.
4. Získat, vyhodnotit a interpretovat buněčná FRET-FLIM data včetně vhodných kontrol.
6. Sepsat práci.

Seznam odborné literatury

1) Lakowicz JR,Principles of fluorescence spectroscopy, Third edition. Springer, New York, 2006
2) W. Becker, Advanced Time-Correlated Single Photon Counting Techniques Springer, Berlin, 2005
3) Kapusta, P., Wahl, M. and Erdmann, R. (Eds.), Advanced Photon Counting: Applications, Methods, Instrumentation, Springer International Publishing, London, 2015
4) Herman P, Lakowicz JR Lifetime-based imaging. In Biomedical Photonics Handbook, Second Edition :Fundamentals, Devices, and Techniques, Vo-Dingh T (ed), New York, CRC Press, 2014, 353-396
5) Soubor původních prací (Bude upřesněno).

Předběžná náplň práce

Poruchy interakcí a oligomerizace jaderných a jadérkových proteinů často souvisí s jejich chybnou buněčnou lokalizací a následně se závažnými patogenními stavy. Nukleofosmin patří k vysoce zastoupeným proteinům jadérka putujícím mezi jadérkem, jádrem a cytoplazmou. Jeho schopnost oligomerizace je kritická pro správnou interakci s četnými vazebnými partnery, např. s proteiny signální kaskády spuštění programované buněčné smrti. Mutace, fúze nebo zvýšená úroveň exprese NPM úzce koreluje s výskytem nádorových onemocnění a leukémií.
Práce bude zaměřena především na oligomerizaci a interakce nukleofosminu, jeho mutovaných forem a fragmentů v živých buňkách.
Chování nukleofosminu značeného vhodnými fluorescenčními proteiny bude sledováno moderními metodami časově rozlišené fluorescenční konfokální mikroskopie (FLIM, FRET-FLIM, polarizovaný FLIM). Měření budou prováděna v laboratořích FÚ ve spolupráci s Ústavem hematologie a krevní transfuze v Praze.