Rhabdomonas costata je bičíkovec žijící v bahnitých stojatých vodách plných tle-jícího rostlinného materiálu. Řadí se mezi primárně osmotrofní krásnoočka (Excavata:Euglenozoa: Euglenoida: Rhabdomonadales), která jsou pravděpodobně sesterská foto-syntetickým krásnoočkům. Proto byl Rhabdomonas vybrán jako vhodný zástupce k sek-venaci a anotaci celého genomu. V naší laboratoři pěstujeme 3 klony kmene PANT2;z jednoho klonu jsem vyizoloval celkovou RNA a získal tak zatím neúplný transkriptom.Součástí doktorského projektu jsou pokusy o axenizaci kmene PANT2, např. filtrací,migrací, střídáním médií o různém pH a také antibiotiky. Získání kvalitní RNA a conejúplnějšího transkriptomu metodou 454 (Čestmír Vlček), případně jinými metodami(Ilumina), a jeho anotace (popisy proteinů a jejich funkce in silico). Hlavní náplníprojektu však bude izolace kvalitní DNA, její sekvenování (opět metodou 454) a ano-tace, jejíž součástí bude pravděpodobně také chromosomová mapa, s využitím anotacetranskriptomu.Druhou částí doktorského projektu bude hledání fylogeneze skupiny Euglenoida,který je dělen na šest řádů (dva obsahují primárně fotosyntetické zástupce, jeden en-dobiotické a tři heterotrofní zástupce), s důrazem na její heterotrofní (a endobiotické?)zástupce. Prvním krokem této části projektu bude sběr dostatečného množství vzorkůa jejich určení do druhů s pomocí světelné a případně i elektronové mikroskopie. Ne-zbytným předpokladem pro získání dobré fylogenetické hypotézy je výběr vhodných fylogenetických znaků, v tomto případě úseků DNA, RNA či proteinů, který bude pro-veden.
- zadáno vedoucím/školitelem