Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorů
| Název práce v češtině: | Vizuální dotazování v chemických databázích pomocí SMARTS vzorů |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Visual Querying in Chemical Databases using SMARTS Patterns |
| Klíčová slova: | Vizuální dotazování, Chemická databáze, SMILES, SMARTS |
| Klíčová slova anglicky: | Visual querying, Chemical database, SMILES, SMARTS |
| Akademický rok vypsání: | 2012/2013 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 17.02.2013 |
| Datum zadání: | 17.02.2013 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 10.04.2013 |
| Datum a čas obhajoby: | 16.06.2014 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 22.05.2014 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 23.05.2014 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 16.06.2014 |
| Oponenti: | doc. RNDr. Irena Holubová, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| SMARTS jazyk je jazyk podobný regulárním výrazům, kterým umožňuje popsat vzory vyskytující se v chemických vzorcích. Je jím možné specifikovat, kde se v grafu chemické struktury mají vyskytovat jaké vzory a jak mají být propojeny. SMARTS jazyk je podobný jazyku SMILES (Simplified molecular-input line-entry specification), který se běžně používá pro 1D zápis molekul pro počítačové zpracování. Každý SMILES výraz je validní SMARTS vzor. Cílem práce je implementace webového nástroje pro grafický zápis SMARTS řetězců. Nástroj bude současně schopen pro (graficky) zadané požadavky na strukturu vygenerovat validní SMARTS řetězec (nebo jiný zápis s podobnou sílou) a ten použít pro dotazování do databáze chemických sloučenin (např. PubChem). |
| Seznam odborné literatury |
| [1] WWW: http://www.daylight.com/dayhtml/doc/theory/theory.smarts.html, 2011
[2] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010 [3] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 |