Multiple sequence alignment pomocí genetických algoritmů

• Název práce v češtině: Multiple sequence alignment pomocí genetických algoritmů
• Název v anglickém jazyce: Multiple sequence alignment using genetic algorithms
• Klíčová slova: sequence alignment, genetický algoritmus, motif
• Klíčová slova anglicky: sequence alignment, genetic algorithm, motif
• Akademický rok vypsání: 2010/2011
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra softwaru a výuky informatiky (32-KSVI)
• Vedoucí / školitel: RNDr. František Mráz, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 29.06.2011
• Datum zadání: 29.06.2011
• Datum potvrzení stud. oddělením: 08.07.2011
• Datum a čas obhajoby: 21.05.2012 12:30
• Datum odevzdání elektronické podoby: 12.04.2012
• Datum odevzdání tištěné podoby: 12.04.2012
• Datum proběhlé obhajoby: 21.05.2012
• Oponenti: Mgr. Klára Pešková, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Současný alignment většího počtu sekvencí DNA, resp. proteinů, je velmi důležitou úlohou bioinformatiky. Kvůli její vysoké složitosti se na její řešení používají různé aproximativní metody. Diplomant navrhne řešení tohoto problému pomocí genetických algoritmů, s tím, že využije techniky navržené původně pro hledání motifů. Navržený algoritmus bude implementován a porovnán s vybranými algoritmy na benchmarkových datech.

Seznam odborné literatury

Notredame, C., Higgins, D.: SAGA: sequence alignment by genetic algorithm. Nucleic Acids Res. 1996, 24:1515-1524.

Michalewicz, Z.: Genetic Algorithms + Data Structures = Evolution Programs, Springer-Verlag, New York, 1999.

Rausch, T., Emde, A.-K., Weese,D., Döring, A., Notredame, C. and Reinert, K.: Segment-based multiple sequence alignment. Bioinformatics (2008) 24 (16): i187-i192.

Reyes-Rico, C.: Finding DNA Motifs Using Genetic Algorithms. Proceedings of the Fifth Mexican International Conference on Artificial Intelligence. 2006, 331-339.