Tool for Principal Component Analysis for Ancient mtDNA Database (AmtDB.org)
Název práce v češtině: | Nástroj pro analýzu hlavních komponent pro databázi Ancient mtDNA database (AmtDB.org) |
---|---|
Název v anglickém jazyce: | Tool for Principal Component Analysis for Ancient mtDNA Database (AmtDB.org) |
Klíčová slova: | starodávná DNA, mitochondriální DNA, AmtDB, PCA |
Klíčová slova anglicky: | ancient DNA, mitochondrial DNA, AmtDB, PCA |
Akademický rok vypsání: | 2024/2025 |
Typ práce: | bakalářská práce |
Jazyk práce: | angličtina |
Ústav: | Katedra buněčné biologie (31-151) |
Vedoucí / školitel: | RNDr. Edvard Ehler, Ph.D. |
Řešitel: | Bc. Linda Kimrová - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem |
Datum přihlášení: | 13.11.2024 |
Datum zadání: | 13.11.2024 |
Seznam odborné literatury |
JOBLING, Mark A. Human evolutionary genetics. 2nd ed. New York: Garland science, 2014, xviii, 670 s. ISBN 978-0-8153-4148-2. STONEKING, Mark. An introduction to molecular anthropology. Hoboken, New Jersey: Wiley Blackwell, 2017. ISBN 1-118-06162-4. HAAK, Wolfgang, Iosif LAZARIDIS, Nick PATTERSON, et al. Massive migration from the steppe was a source for Indo-European languages in Europe. Nature [online]. 2015, 2015-06-11, 522(7555), 207-211 [cit. 2024-05-11]. ISSN 0028-0836. Dostupné z: doi:10.1038/nature14317 OLALDE, Iñigo, Selina BRACE, Morten E. ALLENTOFT, et al. The Beaker phenomenon and the genomic transformation of northwest Europe. Nature [online]. 2018, 2018-03-08, 555(7695), 190-196 [cit. 2024-05-11]. ISSN 0028-0836. Dostupné z: doi:10.1038/nature25738 ALLENTOFT, Morten E., Martin SIKORA, Karl-Göran SJÖGREN, et al. Population genomics of Bronze Age Eurasia. Nature [online]. 2015, 2015-06-11, 522(7555), 167-172 [cit. 2024-05-11]. ISSN 0028-0836. Dostupné z: doi:10.1038/nature14507 MATHIESON, Iain, Iosif LAZARIDIS, Nadin ROHLAND, et al. Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians. Nature [online]. 2015, 2015-12-24, 528(7583), 499-503 [cit. 2024-05-11]. ISSN 0028-0836. Dostupné z: doi:10.1038/nature16152 JURAS, Anna, Maciej CHYLEŃSKI, Edvard EHLER, et al. Mitochondrial genomes reveal an east to west cline of steppe ancestry in Corded Ware populations. Scientific Reports [online]. 2018, 8(1) [cit. 2024-05-11]. ISSN 2045-2322. Dostupné z: doi:10.1038/s41598-018-29914-5 JURAS, Anna, Maja KRZEWIŃSKA, Alexey G. NIKITIN, et al. Diverse origin of mitochondrial lineages in Iron Age Black Sea Scythians. Scientific Reports [online]. 2017, 2017-04-28, 7(1) [cit. 2024-05-11]. ISSN 2045-2322. Dostupné z: doi:10.1038/srep43950 CHYLEŃSKI, Maciej, Edvard EHLER, Mehmet SOMEL, Reyhan YAKA, Maja KRZEWIŃSKA, Mirosława DABERT, Anna JURAS a Arkadiusz MARCINIAK. Ancient Mitochondrial Genomes Reveal the Absence of Maternal Kinship in the Burials of Çatalhöyük People and Their Genetic Affinities. Genes [online]. 2019, 10(3) [cit. 2024-05-11]. ISSN 2073-4425. Dostupné z: doi:10.3390/genes10030207 EHLER, Edvard, Jiří NOVOTNÝ, Anna JURAS, Maciej CHYLEŃSKI, Ondřej MORAVČÍK a Jan PAČES. AmtDB: a database of ancient human mitochondrial genomes. Nucleic Acids Research [online]. 2019, 2019-01-08, 47(D1), D29-D32 [cit. 2024-05-12]. ISSN 0305-1048. Dostupné z: doi:10.1093/nar/gky843 @font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}@font-face {font-family:"Calibri Light"; panose-1:2 15 3 2 2 2 4 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536859905 -1073732485 9 0 511 0;}@font-face {font-family:Aptos; panose-1:2 11 0 4 2 2 2 2 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:536871559 3 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; mso-hyphenate:none; font-size:12.0pt; font-family:"Calibri Light",sans-serif; mso-fareast-font-family:Aptos; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Aptos; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:1.0pt; mso-ligatures:standardcontextual; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-family:"Aptos",sans-serif; mso-ascii-font-family:Aptos; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Aptos; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Aptos; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Aptos; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; mso-hyphenate:none;}div.WordSection1 {page:WordSection1;} |
Předběžná náplň práce |
Cílem práce je integrovat do Ancient mtDNA database (AmtDB) nástroj pro analýzu hlavních komponent (Principal Component Analysis, PCA) pro porovnávání mezi populacemi - jak z dat databáze, tak i z externích dat dodaných uživatelem. Druhým cílem pak bude tento integrovaný nástroj otestovat. Tedy provést porovnání mezi populacemi v databázi a externími daty, které budou vloženy do PCA nástroje uživatelem (např. mezi prehistorickou a současnou střední Evropou). Poslední cíl je potom zpracovat publikované vzorky a připravit tato data pro aktualizaci AmtDB. Mitochondriální genom nám dovolují určit haploskupinu vzorku, tedy maternální linii. Pokud máme tyto linie k dispozici pro velký počet vzorků, jsou velmi užitečný nástroj pro studium vývoje a šíření starodávných populací, jelikož mají dobře popsanou geografickou variabilitu. AmtDB shromažďuje a zpřístupňuje publikované mitochondriální sekvence DNA včetně metadat (lokace, archeologický kontext nálezu, datování apod.). Obsahuje vzorky převážně z Evropy a Asie, s širokým rozptylem jejich stáří, od paleolitu až do prvního tisíciletí našeho letopočtu. Analýza hlavních komponent je jedna ze základních metod analýzy více-rozměrných dat, používaná v populační genomice. Zde redukuje velké množství proměnných na hlavní komponenty, které zachycují co možná nejvíce variability v naměřených datech. Díky těmto komponentám lze komplexní více-rozměrná data zobrazit do grafu s minimální ztrátou informace. V populační genetice se PCA využívá ke studiu jednotlivých populací, jejich migrací, mísení, příbuznosti a původu. @font-face {font-family:"Cambria Math"; panose-1:2 4 5 3 5 4 6 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:roman; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536870145 1107305727 0 0 415 0;}@font-face {font-family:"Calibri Light"; panose-1:2 15 3 2 2 2 4 3 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:-536859905 -1073732485 9 0 511 0;}@font-face {font-family:Aptos; panose-1:2 11 0 4 2 2 2 2 2 4; mso-font-charset:0; mso-generic-font-family:swiss; mso-font-pitch:variable; mso-font-signature:536871559 3 0 0 415 0;}p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal {mso-style-unhide:no; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; margin:0cm; mso-pagination:widow-orphan; mso-hyphenate:none; font-size:12.0pt; font-family:"Calibri Light",sans-serif; mso-fareast-font-family:Aptos; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Aptos; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-font-kerning:1.0pt; mso-ligatures:standardcontextual; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoChpDefault {mso-style-type:export-only; mso-default-props:yes; font-family:"Aptos",sans-serif; mso-ascii-font-family:Aptos; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:Aptos; mso-fareast-theme-font:minor-latin; mso-hansi-font-family:Aptos; mso-hansi-theme-font:minor-latin; mso-bidi-font-family:Aptos; mso-bidi-theme-font:minor-bidi; mso-fareast-language:EN-US;}.MsoPapDefault {mso-style-type:export-only; mso-hyphenate:none;}div.WordSection1 {page:WordSection1;} |