Analýza a charakterizace sestřihových variant BRCA1
| Název práce v češtině: | Analýza a charakterizace sestřihových variant BRCA1 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Analysis and characterization of BRCA1 splicing variants. |
| Klíčová slova: | BRCA1, karcinom prsu, alternativní sestřih, analýza genové exprese |
| Klíčová slova anglicky: | BRCA1, breast cancer, alternative splicing, gene expression analysis |
| Akademický rok vypsání: | 2010/2011 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra buněčné biologie (31-151) |
| Vedoucí / školitel: | prof. MUDr. Zdeněk Kleibl, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem |
| Datum přihlášení: | 01.11.2010 |
| Datum zadání: | 28.01.2011 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 09.05.2012 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 15.06.2012 |
| Oponenti: | prof. RNDr. Pavel Souček, CSc. |
| Předběžná náplň práce |
| Předběžná náplň práce: Náplní diplomové práce je identifikace sestřihových forem genu BRCA1. Celková RNA bude izolována ze vzorků periferní krve a mamárních buněk pacientek s karcinomem prsu a žen bez nádoru. Izolovaná RNA bude sloužit pro reverzní transkripci do cDNA. Sestřihové varianty BRCA1 mRNA budou z cDNA amplifikovány s primery lokalizovanými v 5' a 3' UTR BRCA1. Charakterizace jednotlivých sestřihových variant separovaných gelovou elektroforézou bude provedena sekvenováním. Exprese jednotlivých identifikovaných variant BRCA1 bude kvantifikována pomocí qPCR. Statisticky budou vyhodnoceny rozdíly v sestřihovém vzorci i) buněk periferní krve a mamy a ii) mezi pacientkami s karcinomem prsu a nenádorovou populací. Cíle práce: Diplomová práce je zaměřena na analýzu sestřihového vzorce BRCA1 mRNA v leukocytech a mamární tkáni u pacientek s karcinomem prsu a u zdravých kontrol (ženy podstupující redukční/korektivní mamoplastiku) s cílem: a) Ustanovit robustní systém pro detekci, charakterizaci a kvantifikaci ASV BRCA1 b) Identifikovat alternativní sestřihové varianty BRCA1 v periferní krvi zdravých kontrol (žen podstupující redukční/korektivní mamoplastiku) a pacientek s karcinomem prsu c) Kvantifikovat vybrané identifikované endogenní alternativní sestřihové varianty BRCA1 mRNA ve vyšetřovaných souborech |