Bioinformatika - vývojové stromy

• Název práce v češtině: Bioinformatika - vývojové stromy
• Název v anglickém jazyce: Bioinformatics - phylogenetic trees
• Akademický rok vypsání: 2008/2009
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra aplikované matematiky (32-KAM)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Ondřej Pangrác, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 24.10.2008
• Datum zadání: 24.10.2008
• Datum a čas obhajoby: 14.09.2009 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 14.09.2009
• Datum proběhlé obhajoby: 14.09.2009
• Oponenti: Mgr. Martin Bálek

Zásady pro vypracování

Tato práce je založena na ročníkovém projektu. Úkolem je nastudovat, pochopit a implementovat základní algoritmy pro konstrukci vývojových stromů z matice vzdáleností dvojic sekvencí. Jde vlastně o aproximaci obecné grafové metriky stromovou metrikou. Výsledkem práce by mělo být i srovnání výsledků použitých algoritmů a jejich zhodnocení.

Seznam odborné literatury

Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner: Introduction to Bioinformatics Algorithms (2004)
články ze sborníků LNBI
články na internetu (např. http://linneus20.ethz.ch:8080/5.html )

Předběžná náplň práce

Vývojové stromy jsou grafovým modelem evoluce. Jednou ze základních bioinformatických úloh je konstrukce vývojových stromů založených na porovnání funkčních úseků genových nebo proteinových sekvencí.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Phylogenetic trees are graph models of evolution. One of the fundamental problems of bioinformatics is a construction of phylogenetic trees based on the comparison of strings in genetic or protein sequences.