Stechiometrie transportu membránovým transportním proteinem MntH bakterie E. coli
| Název práce v češtině: | Stechiometrie transportu membránovým transportním proteinem MntH bakterie E. coli |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Stoichiometry of transport mediated by bacterial membrane transport protein MntH of E. coli |
| Akademický rok vypsání: | 2008/2009 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
| Vedoucí / školitel: | RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 07.11.2008 |
| Datum zadání: | 07.11.2008 |
| Datum a čas obhajoby: | 13.09.2010 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 13.09.2010 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 13.09.2010 |
| Oponenti: | Mgr. Lydie Marešová, Ph.D. |
| Konzultanti: | RNDr. Eva Urbánková, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| 1. Zvládnout zásady práce v mikrobiologické laboratoři, kultivaci bakteriálních buněk
2. Seznámit se se základními principy fluorescenční spektroskopie a hmotnostní spektrometrie. 3. Zpracovat přehlednou rešerši k danému tématu. 4. Optimalizovat metody měření transportu protonů a dvojmocných kovových iontů transportérem MntH. 5. Kvantifikovat transport protonů a dvojmocných kovových iontů transportním proteinem MntH E.coli, stanovit stechiometrii transportu. 6. Sledovat vliv experimentálních podmínek a vybraných bodových mutací na stechiometrii transportu tímto transportním proteinem. |
| Seznam odborné literatury |
| 1. Courville,P., Chaloupka,R., and Cellier,M.F.M. (2006). Recent progress in structure-function analyses of Nramp proton-dependent metal-ion transporters. Biochemistry and Cell Biology 84, 960-978.
2. Nevo,Y. and Nelson,N. (2006). The NRAMP family of metal-ion transporters. Biochim. Biophys. Acta 1763, 609-620. 3. Chaloupka,R., Courville,P., Veyrier,F., Knudsen,B., Tompkins,T.A., Cellier,M.F.M.: Identification of functional amino acids in the Nramp family by a combination of evolutionary analysis and biophysical studies of metal and proton cotransport in vivo (2005) Biochemistry 44: 726-733 4. L.Beranová: Studium funkce bakteriálních transportérů dvojmocných kovů, diplomová práce, MFF UK 2007. 5. E.Straková: Studium faktorů ovlivňujících transport protonů transportním proteinem MntH, diplomová práce, MFF UK 2007. 6. vybraný soubor původních prací |
| Předběžná náplň práce |
| Proteiny z rodiny Slc11 (SoLute Carrier 11) transportují dvojmocné kovové ionty za pomoci symportu s protony u celé řady organismů - od bakterií (MntH - Manganese Proton-dependent Transporter) po člověka (Nramp - Natural Resistence Associated Membrane Protein) a hrají důležitou roli v homeostázi kovových iontů. I přes klíčovou fyziologickou roli těchto transportních proteinů jsou poznatky o mechanismu, jímž transportují dvojmocné kovové ionty, velmi sporé, zejména kvůli absenci vhodných experimentálních metod. Navíc, většina poznatků byla získána měřením na jejich eukaryotních homolozích. Práce se pokusí přispět k objasnění některých aspektů transportu dvojmocných kovových iontů proteinem MntH bakterie E.coli pomocí studia stechiometrie transportu proteinu divokého typu a vybraných jednobodových mutantů. K tomuto účelu bude použita kombinace hmotnostní spektrometrie (ICP-MS) a fluorescenčních metod.
|