Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 341)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Studium transportních a strukturních vlastností oligopeptidů pomocí fluorescenčních metod
Název práce v češtině: Studium transportních a strukturních vlastností oligopeptidů pomocí
fluorescenčních metod
Název v anglickém jazyce: Transport and structure properties of oligopeptides studied by
fluorescence methods
Akademický rok vypsání: 2008/2009
Typ práce: diplomová práce
Jazyk práce: čeština
Ústav: Fyzikální ústav UK (32-FUUK)
Vedoucí / školitel: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 12.11.2008
Datum zadání: 12.11.2008
Datum a čas obhajoby: 13.09.2010 00:00
Datum odevzdání elektronické podoby:13.09.2010
Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2010
Oponenti: RNDr. Aleš Holoubek, Ph.D.
 
 
 
Konzultanti: RNDr. Roman Chaloupka, Ph.D.
Zásady pro vypracování
1. Prostudovat dostupnou literaturu a navrhnout různé metody pro měření transportu indukovaného oligopeptidy v liposomech.
2. Navržené metody vyzkoušet a optimalizovat.
3. Aplikovat optimalizované metody na dva oligopeptidy odpovídající transmembránovým úsekům (TM3 a TM6) proteinu MntH.
4. Interpretovat změřená data a stanovit specifitu transportu.
5. Případně využít fluorescenci k strukturní charakterizaci daných peptidů (např. fluroescence tryptofanu u TM3).
Seznam odborné literatury
1. Ladokhin AS and White SH (2001) Alphas and taus of tryptophan fluorescence in membranes. Biophys J, 81, 1825-1827.
2. Ladokhin AS, Wimley WC, and White SH (1995) Leakage of membrane vesicle contents: determination of mechanism using fluorescence requenching. Biophys J, 69, 1964-1971.
3. Ohmizo C, Yata M, and Katsu T (2004) Bacterial cytoplasmic membrane permeability assay using ion-selective electrodes. J Microbiol Methods, 59, 173-179.
4. Venema K, Gibrat R, Grouzis JP, and Grignon C (1993) Quantitative measurement of cationic fluxes, selectivity and membrane potential using liposomes multilabelled with fluorescent probes. Biochim Biophys Acta, 1146, 87-96.
Předběžná náplň práce
Při studiu transportních vlastností membránových proteinů se dá využít i oligopeptidů, které odpovídají jednotlivým transmembránovým úsekům studovaného proteinu. U proteinu MntH (Proton-dependent Manganese Transporter), což je bakteriální protein transportující některé dvojmocné kovy společně s protony, víme zatím o dvou transmembránových segmentech (TM3 a TM6), které jsou schopné za určitých podmínek vytvořit kanál přes membránu. Náplní této práce bude zavést metodu pro studium těchto kanálů v liposomech pomocí fluroescence s cílem dozvědět se více o substrátové specifitě transportu. Bude využito různých fluorescenčních sond (detekce draslíku, pH, chloridů, membránového poteinciálu atd.) a různých experimentálních podmínek (gradient různých iontů přes membránu).
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK