Ramanova mikrospektroskopie proteinových krystalů
| Název práce v češtině: | Ramanova mikrospektroskopie proteinových krystalů |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Raman microspectroscopy of protein crystals |
| Akademický rok vypsání: | 2009/2010 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | |
| Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
| Vedoucí / školitel: | RNDr. Vladimír Kopecký, Ph.D. |
| Řešitel: | |
| Konzultanti: | RNDr. Kateřina Hofbauerová, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| 1. Seznámit se s principy Ramanovy spektroskopie.
2. Vypracovat rešerši na téma měření proteinových krystalů pomocí Ramanovy spektroskopie a případně pomocí dalších technik optické spektroskopie. 3. Prakticky zvládnout měření na Ramanově mikrospektrometru. 4. Prakticky zvládnout základní techniky pro přípravu krystalů proteinů. 5. Vypěstovat proteinové krystaly lysozymu o různé kvalitě. 6. Změřit Ramanova spektra krystalů lysozymu, najít optimální podmínky měření atp. 7. Porovnat změřená Ramanova spektra krystalů se spektry z roztoku a kapkově nanášenými povlaky. 8. Analyzovat získaná data z hlediska praktické použitelnosti metodiky a z hlediska studia struktury proteinů pomocí Ramanovy spektroskopie. |
| Seznam odborné literatury |
| M. D. Altose, Y. Zheng, J. dong, B. A. Palfey, P. R. Carey: Comparing protein-ligand interactions in solution and single crystals by Raman spectroscopy. Proceeding of the National Academy of Sciences of USA 98 (2001) 3006-3011.
T. Bergfors (ed.): Protein crystallization techniques, strategies, and tips - a laboratory manual. International University Line, La Jolla USA 1999. H. A. Havel (ed.): Spectroscopic methods for determining protein structure in solution. VCH Publishers, Cambridge 1996. D. Zhang, Y. Xie, M. F. Mrozek, C. Ortiz, V. J. Davisson, D. Ben-Amotz: Raman detection of proteomic analytes. Analytical Chemistry 75 (2003) 5703-5709. R. Zheng, X. Zheng, J. Dong, P. R. Carey: Proteins can convert to beta-sheet in single crystals. Protein Science 13 (2004) 1288-1294. |
| Předběžná náplň práce |
| Užití Ramanovy spektroskopie ke studiu krystalů proteinů patří k relativně novým aplikacím vibrační spektroskopie. Ramanova spektroskopie umožňuje studovat nejenom konformace proteinů a jejich interakce s ligandy, ale je i praktickým nástrojem při kontrole kvality vypěstovaných proteinových krystalů. Náplní bakalářské práce by mělo být praktické otestování použitelnosti Ramanovy spektroskopie ke studiu kvality proteinových krystalů (půjde o krystaly lysozymu, které student snadno zvládne vypěstovat sám) a nalezení optimálních podmínek pro jejich reprodukovatelné měření. Zároveň by měl být prostudován vliv užité techniky Ramanovy spektroskopie (měření v krystalech vs. roztok vs. metoda kapkově nanášených povlaků ? DCDR) na konformaci a tím i na změřená spektra proteinu. Měření budou prováděna na novém Ramanově mikrospektrometru LabRam HR800 (Horiba Jobin Yvon), tj. na Ramanově spektrometru kombinovaném s mikroskopem. |