Vyhľadávanie podobných sekundárnych štruktúr RNA

• Název práce v jazyce práce (slovenština): Vyhľadávanie podobných sekundárnych štruktúr RNA
• Název práce v češtině: Vyhľadávanie podobných sekundárnych štruktúr RNA
• Název v anglickém jazyce: Searching for similar secondary structures in RNA
• Akademický rok vypsání: 2006/2007
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: slovenština
• Ústav: Katedra softwaru a výuky informatiky (32-KSVI)
• Vedoucí / školitel: RNDr. František Mráz, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 15.11.2006
• Datum zadání: 15.11.2006
• Datum a čas obhajoby: 11.09.2007 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.09.2007
• Datum odevzdání tištěné podoby: 15.11.2006
• Datum proběhlé obhajoby: 11.09.2007
• Oponenti: RNDr. Petr Hoffmann, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Cieľom práce je vytvoriť aplikáciu na vyhľadávanie podobných sekundárnych štruktúr RNA. RNA sekvencie je možné získať z rôznych verejne dostupných databází na internete. Aplikácia bude umožňovať navrhnúť sekundárnu štruktúru, ktorá sa bude následne hľadať v sekundárnych štruktúrach RNA získaných z uživateľom zadaných RNA sekvencií. Taktiež bude umožňovať detailne určiť o koľko a akým spôsobom sa nájdené štruktúry môžu odlišovať. Výsledky budú prezentované uživateľovi vizuálne a taktiež vo forme XML.

Seznam odborné literatury

[1] Matthias Hochsmann: The Tree Alignment Model: Algorithms, Implementations and Applications for the Analysis of RNA Secondary Structures, PhD thesis, Technische Fakultät der Universität Bielefeld (2005).

[2] Ivo L. Hofacker, Walter Fontana, Peter F. Stadler, L. Sebastian Bonhoeffer, Manfred Tacker, and Peter Schuster: Fast folding and comparison of rna secondary structures. Momathefte für Chemie, 125(1):167–188 (1994).

[3] Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press (2004).