Porovnávání struktur RNA

• Název práce v češtině: Porovnávání struktur RNA
• Název v anglickém jazyce: Comparing RNA structures
• Akademický rok vypsání: 2006/2007
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra softwaru a výuky informatiky (32-KSVI)
• Vedoucí / školitel: RNDr. František Mráz, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 10.11.2006
• Datum zadání: 10.11.2006
• Datum a čas obhajoby: 11.09.2007 00:00
• Datum odevzdání elektronické podoby: 11.09.2007
• Datum proběhlé obhajoby: 11.09.2007
• Oponenti: RNDr. Petr Hoffmann, Ph.D.

Zásady pro vypracování

Cílem je vytvořit program pro práci se sekvencemi RNA. Tyto sekvence lze získat z veřejně dostupných databází. Každá sekvence RNA se dá algoritmicky poskládat do sekundární struktury. Hlavním zaměřením programu bude práce se strukturami RNA, jejich porovnávání, ořezávání a hledání podobností. Výsledky musí být prezentovány v přehledné formě, aby byly použitelné pro potřeby biologů.

Seznam odborné literatury

[1] Lidio Marx Carvalho Meireles, Tatsuya Akutsu: A Gibbs Sampling Approach to Detection of Tree Motifs, Genome Informatics 16(1): 34-43 (2005).

[2] Matthias Hochsmann: The Tree Alignment Model: Algorithms, Implementations and Applications for the Analysis of RNA Secondary Structures, PhD thesis, Technische Fakultät der Universität Bielefeld (2005).

[3] Ivo L. Hofacker, Walter Fontana, Peter F. Stadler, L. Sebastian Bonhoeffer, Manfred Tacker, and Peter Schuster: Fast folding and comparison of rna secondary structures. Momathefte für Chemie, 125(1):167–188 (1994).

[4] Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press (2004).