Atomic Force Microscopy a vizualizace rozdílů ve struktuře buněčných stěn mladých a starých kvasinek S. cerevisiae.
Název práce v češtině: | Atomic Force Microscopy a vizualizace rozdílů ve struktuře buněčných stěn mladých a starých kvasinek S. cerevisiae. |
---|---|
Název v anglickém jazyce: | Atomic Force Microscopy (AFM) used to reveal differences in the cell wall structure of of yound and old S. cerevisiae yeast cells. |
Akademický rok vypsání: | 2006/2007 |
Typ práce: | diplomová práce |
Jazyk práce: | čeština |
Ústav: | Fyzikální ústav UK (32-FUUK) |
Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Jaromír Plášek, CSc. |
Řešitel: | skrytý![]() |
Datum přihlášení: | 28.11.2006 |
Datum zadání: | 28.11.2006 |
Datum a čas obhajoby: | 19.05.2008 00:00 |
Datum odevzdání elektronické podoby: | 19.05.2008 |
Datum odevzdání tištěné podoby: | 20.04.2008 |
Datum proběhlé obhajoby: | 19.05.2008 |
Oponenti: | prof. Ing. Andrey Shukurov, Ph.D. |
Konzultanti: | Alena Pichová |
RNDr. Zbyněk Pientka, CSc. | |
Zásady pro vypracování |
1. Seznámit se s metodikou pěstování kvasinek S. cerevisiae v suspenzích a na agaru.
2. Pod vedením konzultanta zvládnout obsluhu AFM v ÚMCH AVČR. 3. Zvládnout imobilizaci kvasinek v pórech polykarbonátových filtrů. 4. Porovnat strukturu stěny malých a starých buněk kvasinek S. cerevisiae kmenů ze serie JC. 5. Porovnat strukturu stěn kvasinek kmenů s MDR pumpami a bez pump. 7. Pokusit se o shrnutí získaných výsledků AFM studia kvasinek z perspektivy existujících znalostí o mikroskopické struktuře kvasinkové stěny. |
Seznam odborné literatury |
The Microbial Cell Cycle - eds. P. Nurse, E. Streiblova,, CRC Press, Boca Raton, Florida, 1988.
Molecular Biology of the Cell, Fourth Ed. Alberts et al (vybrané kapitoly), 2002 Bendová, O., Janderová, B., Základy biologie kvasinek, SPN, Praha 1985. http://faculty.uca.edu/~march/bio1/aer_resp/aer_resp/yeastbio_su2k.htm Morris, V.J., Kirby, A.R., Cunning A.P. (1999) Atomic Force Microscopy for Biologists, Imperial College Press, London. Bhanu, P., Jena, J. K., Horber, H., Atomic Force Microscopy in Cell Biology (Methods in Cell Biology, Volume 68. Academic Press, San Diego, 2002. Manuál k mikroskopu Nanoscope IIIa (Veeco Instruments, NY) Další časopisecká literatura dle pokynů vedoucího. |
Předběžná náplň práce |
Buňky kvasinek mají kromě plasmatické membrány také buněčnou stěnu, která zajišťuje jejich rezistenci proti osmotickým změnám v jejich médiu. Kvalita a struktura buněčné stěny kvasinek závisí na řadě parametrů, jako například na složení růstového média. Standardní metodu studia struktury buněčné stěny je elektronová mikroskopie, jejíž notoricky známou nevýhodou je nutnost práce s dehydratovanými buňkami s povrchem pokrytým vrstvou kontrastního materiálu. AFM je moderní metoda studia povrchů nejrůznějších objektů, umožňující získat jejich obrazy s nanometrovým rozlišením, a to i ve vodním prostředí. Navrhovaná diplomová práce navazuje na doktorskou práci M. Reitera, během níž se podařilo překonat řadu technických obtíží a ve finále tak získat velmi kvalitní obrazy povrchových struktur buněčné stěny kvasinek S. cerevisiae.
Hlavním objektem studia budou v této diplomového práci rozdíly mezi stěnami buněk mladých a buněk vykazujících znaky replikačního stárnutí. |
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
Apart from their plasmalemma, yeast cells possess also a cell wall, which is responsible for the resistance of cells to the osmolarity changes in cell media. Both the quality and structure of the yeast cell wall depends on multiple parameters, e.g., the composition of a growth medium. A standard tool used to study the cell wall is electron microscopy, whose notorious drawback is that a layer of contrast material must be deposited on the surface of investigated cells.
Atomic Force Microscopy (AFM) is a promising method that has been recently used to study surfaces of various microscopic objects. It can provide surface images with a resolution at nanometer scale even if investigated cells are in their natural states in aqueous media. This MSc. Thesis Projects will continue the work done by M. Reiter for his PhD Thesis. In this preceding project main technical challenges related to the immobilization of yeast cells have been solved, high quality AFM images of S.cerevisiae cells at high resolution have been obtained. The main subject of AFM studies to be carried out within the framework of the proposed project is a expected difference between cell walls of young and replicatively old cells. |