V projetu se zaměříme na analýzu eukaryotického střevního mikrobiomu bobra evropského metodou metabarcodingu. Jako materál poslouží vzorky trusu ze zhruba 30 jedinců bobrů z dvou populací v ČR z regionů Šumava a Šluknovsko, který nám poskytne tým Doc. Munclingera z katedry zoologie. Jako barcode použijeme variabilní oblast V4 18S rRNA. Pro amplifikaci použijeme jednak publikované obecné primery, ale pokusíme se připravit a otestovat také jejich varianty optimalizované na skupiny eukaryot, které obecné primery zachytávají málo nebo vůbec. Knihovny připravené pomocí optimalizovaného panelu primerů budou sekvenovány na platformě Illumina MiSeq and analyzovány pomocí standardní pipeline. Získané složení eukaryotického mikrobiomu bude porovnáno mezi populacemi, pohlavími a věkovými kohortami. Samostatně budou všechny vzorky vyšetřeny na přítomnost Giardia intestinalis, lidského střevního pathogena, u něhož bobr slouží jako rezervoár. Na toto vyšetření budou použit již optimalizovaný protokol a práce bude probíhat ve spolupráci s laboratoří Dr. Pavly Tůmové, 1LF UK.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
In this project, we will focus on the analysis of the eukaryotic gut microbiome of the European beaver by metabarcoding. The material will be fecal samples from about 30 beaver individuals from two populations in the Czech Republic from the Šumava and Šluknov regions provided by the team of Doc. Munclinger from the Department of Zoology. We will use the V4 18S rRNA variable region as a barcode. For amplification, we will use both published general primers and their variants optimized for groups of eukaryotes that are not effectively captured by the general primers. Libraries prepared using the optimized primer panel will be sequenced on the Illumina MiSeq platform and analyzed using a standard pipeline. The resulting composition of the eukaryotic microbiome will be compared between populations, sexes, and age cohorts. Separately, all samples will be examined for the presence of Giardia intestinalis, a human intestinal pathogen for which the beaver serves as a reservoir. An already optimized protocol will be used for this examination and the work will be carried out in collaboration with the laboratory of Dr. Pavla Tůmová, 1LF UK.
- zadáno a potvrzeno stud. odd.