Studium struktury a interakcí proteinů pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie

• Název práce v češtině: Studium struktury a interakcí proteinů pomocí strukturní hmotnostní spektrometrie
• Název v anglickém jazyce: Studying protein structure and interactions by structural mass spectrometry
• Klíčová slova: H/D výměna, hmotnostní spektrometrie, struktura proteinu, membránové proteiny, proton-chloridový antiporter
• Klíčová slova anglicky: H/D exchange, mass spectrometry, protein structure, membrane proteins, proton-chloride antiporter
• Akademický rok vypsání: 2022/2023
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra biochemie (31-250)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Petr Man, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
• Datum přihlášení: 31.10.2022
• Datum zadání: 31.10.2022
• Datum potvrzení stud. oddělením: 27.01.2023
• Datum odevzdání elektronické podoby: 14.05.2024
• Datum proběhlé obhajoby: 28.05.2024
• Oponenti: RNDr. Marek Vrbacký, Ph.D.
• Konzultanti: Mgr. Lukáš Fojtík, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Exprese bakteriálního H+/Cl- antiporteru CLCec1 v E. coli, purifikace proteinu, rekonstitice v detergentu nebo membránové mimetice - nanodisky, saposinové nanodisky, SMA nanodisky. Optimalizace podmínek H/D výměny pro membránové proteiny a studium strukturních změn CLCec1 pomocí H/D výměny a případně dalších strukturních MS technik (FPOP, FFAP, chemické sítění) za různých pH, přítomnosti různých aniotnů. Bioinformatické zpracování dat.