Student se musí seznámit se základy molekulární biologie vážící se k proteinům, jejich interakcím a struktuře. Následně je třeba analyzovat existující datovou sadu, vytvořenou dříve v rámci studentské práce, a navrhnout vhodný entitně vztahový model a tento implementovat ve vhodném DB systému. Volba databázového systému bude také záviset na analýze typů dotazů, definující analytické možnosti frameworku. V poslední fázi bude třeba implementovat webový server zajišťující přístup k analytickým službám formou webového rozhraní.
Seznam odborné literatury
[1] Jones N.: An Introduction to Bioinformatics Algorithms, The MIT Press, 2004
[2] Liljas A., et al.: Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company, 2009
[3] Motlagh, H. N., Wrabl, J. O., Li, J.; Hilser, V. J. (2014). The ensemble nature of allostery. Nature, 508(7496), 331–339. https://doi.org/10.1038/nature13001
[4] Brylinski, Michal, and Jeffrey Skolnick. "What is the relationship between the global structures of apo and holo proteins?." Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 70.2 (2008): 363-377.
Předběžná náplň práce
Proteiny se podílí na většině molekulárních procesů v žívých organismech a jejich studium proto nachází uplatnění v mnoha aplikacích. 3D struktura hraje zásadní roli ve schopnosti proteinu vázat se na další molekuly a tím se podílet na biologických procesech. Nicméně struktura proteinu se může v čase měnit v závislosti na externích faktorech, jako je třeba navázání molekuly, která může způsobit změnu konformace. Cílem práce je vytvořit softwarový framework, který by umožnil udržovat pro sadu proteinů informace o jejich konformacích, tyto data vytěžovat a vizualizovat ve webovém prostředí. Celý systém bude aplikován na existující sadu konformací pro struktury z PDB, ale zároveň bude dostatečně obecný, aby umožnil nahrání a analýzu nových datových sad.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Proteins are involved in most molecular processes in living organisms, and their study therefore finds application in many applications. The 3D structure plays a fundamental role in the protein's ability to bind other molecules and thus participate in biological processes. However, the structure of a protein can change over time; for example binding of a molecule can result in conformational change. The goal of the work is to create a software framework that would, for a set of proteins store information about their different conformations, to extract and visualize this data via a web application. The entire system will be applied to an existing set of conformations for structures from the PDB, but at the same time will be general enough to allow analysis of new datasets.
- zadáno a potvrzeno stud. odd.