Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 381)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
AGO-hook domény v metylaci DNA řízené malými RNA u Arabidopsis thaliana
Název práce v češtině: AGO-hook domény v metylaci DNA řízené malými RNA u Arabidopsis thaliana
Název v anglickém jazyce: AGO-hook domains in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana
Klíčová slova: AGO hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetické značení chromatinu, protein Argonaut
Klíčová slova anglicky: AGO hook, Arabidopsis thaliana, NRPE1, SPT5L, SPT6L, siRNA, epigenetic chromatin labelling, Argonaut protein
Akademický rok vypsání: 2021/2022
Typ práce: diplomová práce
Jazyk práce: čeština
Ústav: Katedra experimentální biologie rostlin (31-130)
Vedoucí / školitel: Mgr. Vojtěch Čermák, Ph.D.
Řešitel: Mgr. Kateřina Teznerová - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 08.11.2021
Datum zadání: 08.11.2021
Datum potvrzení stud. oddělením: 08.11.2021
Datum odevzdání elektronické podoby:09.08.2023
Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2023
Oponenti: Mgr. Tomáš Moravec, Ph.D.
 
 
 
Konzultanti: Mgr. Eliška Kobercová
RNDr. Lukáš Fischer, Ph.D.
Předběžná náplň práce
Epigenetické značení chromatinu má zásadní funkci při regulaci aktivity chromatinu a při regulaci genové exprese na úrovni transkripce. Důležitým signálem k sekvenčně specifickým změnám stavu chromatinu jsou u rostlin komplementární malé RNA, které působí v komplexu s proteinem Argonaute. Předmětem diplomové práce je studium funkce proteinu SPT6L, který je elongačním faktorem RNA polymerázy II, v jejímž komplexu působí jako histonový chaperon. U rostlin má protein SPT6L specifickou doménu, tzv. AGO-hook, která slouží k interakci s výše zmíněnými proteiny Argonaute nesoucími malé RNA. Přítomnost proteinu Argonaute v komplexu RNA polymerázy II naznačuje, že by se malé RNA mohly podílet na regulaci aktivity této polymerázy či na epigenetickém značení chromatinu, který je při transkripci rozvolňován. Studium role SPT6L u bramboru navazuje na již řešenou diplomovou práci, v níž je zkoumána role tohoto proteinu u huseníčku, který má ale pro rostliny velmi netypický genom, a epigenetické značení chromatinu (a především metylace DNA) u něj hraje jen málo významnou roli. U bramboru naopak očekáváme, že plánované odstranění AGO-hook domény SPT6L pomocí CRISPR/Cas9 povede k vážnějším vývojovým změnám, jež povedou k lepšímu pochopení role tohoto proteinu. Před vlastní editací genu pro SPT6L bude nejprve optimalizován postup s využitím gRNA cílících na reportérový gen pro zelený fluorescenční protein.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK