Epigenetické značení chromatinu má zásadní funkci při regulaci aktivity chromatinu a při regulaci genové exprese na úrovni transkripce. Důležitým signálem k sekvenčně specifickým změnám stavu chromatinu jsou u rostlin komplementární malé RNA, které působí v komplexu s proteinem Argonaute. Předmětem diplomové práce je studium funkce proteinu SPT6L, který je elongačním faktorem RNA polymerázy II, v jejímž komplexu působí jako histonový chaperon. U rostlin má protein SPT6L specifickou doménu, tzv. AGO-hook, která slouží k interakci s výše zmíněnými proteiny Argonaute nesoucími malé RNA. Přítomnost proteinu Argonaute v komplexu RNA polymerázy II naznačuje, že by se malé RNA mohly podílet na regulaci aktivity této polymerázy či na epigenetickém značení chromatinu, který je při transkripci rozvolňován. Studium role SPT6L u bramboru navazuje na již řešenou diplomovou práci, v níž je zkoumána role tohoto proteinu u huseníčku, který má ale pro rostliny velmi netypický genom, a epigenetické značení chromatinu (a především metylace DNA) u něj hraje jen málo významnou roli. U bramboru naopak očekáváme, že plánované odstranění AGO-hook domény SPT6L pomocí CRISPR/Cas9 povede k vážnějším vývojovým změnám, jež povedou k lepšímu pochopení role tohoto proteinu. Před vlastní editací genu pro SPT6L bude nejprve optimalizován postup s využitím gRNA cílících na reportérový gen pro zelený fluorescenční protein.
