Hledání interakčních partnerů asociovaných s transkripčním aparátem kvasinkových lineárních plazmidů
| Název práce v češtině: | Hledání interakčních partnerů asociovaných s transkripčním aparátem kvasinkových lineárních plazmidů |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Searching for interaction partners associated with the transcriptional apparatus of yeast linear plasmids |
| Klíčová slova: | kvasinky, lineární plazmidy, Kluyveromyces lactis, pGKL, RNA polymeráza, kvasinkový dvouhybridový systém, sfGFP |
| Klíčová slova anglicky: | yeast, linear plasmids, Kluyveromyces lactis, pGKL, RNA polymerase, yeast two-hybrid system, sfGFP |
| Akademický rok vypsání: | 2021/2022 |
| Typ práce: | diplomová práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Václav Vopálenský, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 24.05.2022 |
| Datum zadání: | 01.07.2022 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 01.07.2022 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 06.08.2023 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 14.09.2023 |
| Oponenti: | RNDr. Michal Čáp, Ph.D. |
| Předběžná náplň práce |
| Cílem tohoto magisterského projektu je prohloubení znalostí a detailní charakterizace transkripčního aparátu kódovaného cytoplasmatickými lineárními plasmidy kvasinky (nazvanými pGKL 1 a pGKL2) Kluyveromyces lactis. Přesné složení tohoto unikátního transkripčního aparátu bylo popsáno teprve nedávno, stejně tak jako velká podobnost transkripčního aparátu výše uvedené kvasinky s transkripčním aparátem viru vakcinie (Sýkora et al., 2018; Vopálenský et al., 2019), což rázem činí kvasinkový model cytoplasmatické transkripce atraktivnějším. Ačkoliv se zdá, že lineární plasmidy K. lactis kódují veškeré komponenty tohoto transkripčního aparátu [dvoupodjednotkovou RNA polymerázu (RNAP), enzym syntetizující čepičku na 5´ koncích mRNa (capping enzym) a RNA helikázu] ve svém genomu, naše předběžné výsledky naznačují, že s tímto transkripčním komplexem mohou být asociované také některé buněčné transkripční faktory. A právě hledání těchto faktorů, pro které bude využito již připraveného kmene K. lactis obsahujícího plasmid pGKL2 nesoucí jednu podjednotku RNA polymerázy fúzovanou s EGFP proteinem s následnými pull-down experimenty a hmotnostní spektrometrií, je jedním z hlavních cílů této práce. Dalším cílem je ověření interakce jednotlivých komponent transkripčního aparátu in vitro a in vivo, pomocí pull-down experimentů s proteiny produkovanými v bakteriálním expresním systému (v případě in vitro přístupu) či s využitím kvasinkového dvouhybridového systému (v případě in vivo přístupu). 1/ Vopálenský V, Sýkora M, Mašek T, Pospíšek M. (2019) Messenger RNAs of Yeast Virus-Like Elements Contain Non-templated 5' Poly(A) Leaders, and Their Expression Is Independent of eIF4E and Pab1. Front Microbiol. 2019 Oct 30;10:2366. doi: 10.3389/fmicb.2019.02366. eCollection 2019. 2/ Sykora M, Pospisek M, Novak J, Mrvova S, Krasny L, Vopalensky V (2018) Transcription apparatus of the yeast virus-like elements: Architecture, function, and evolutionary origin. PLOS PATHOGENS Volume: 14 Issue: 10 Article Number: e1007377 Published: OCT 2018 |