Škálování nábojů pro simulace biologicky relevantních molekul ve vodném prostředí
| Název práce v češtině: | Škálování nábojů pro simulace biologicky relevantních molekul ve vodném prostředí |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Charge scaling for simulations of biologically relevant species in water |
| Klíčová slova: | molekulová dynamika|škálování nábojů|vodné roztoky |
| Klíčová slova anglicky: | molecular dynamics|charge scaling|aqueous solutions |
| Akademický rok vypsání: | 2021/2022 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. (32-UOCHAV) |
| Vedoucí / školitel: | prof. Mgr. Pavel Jungwirth, CSc., DSc. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 24.09.2021 |
| Datum zadání: | 24.09.2021 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 06.10.2021 |
| Konzultanti: | Élise Duboué-Dijon |
| Zásady pro vypracování |
| The specific aim to be addressed is to develop a de novo consistent and unified model of water, ions, and eventually also biomolecules using molecular dynamics simulations in close contact with quantum chemical calculations and spectroscopic experiments. The ECC accounts for electronic polarization in a mean-field way as follows:
(1)Scale atoms bearing partial charges so that its total charge is ~0.75 times its nominal charge. If necessary, adjust other force field parameters such as Lennard-Jones and dihedral terms. (2)Run a standard classical molecular dynamics that recovers naturally the nuclear polarization and, with charge scaling, also effectively electronic polarization. |
| Seznam odborné literatury |
| I. V. Leontyev and A. A. Stuchebrukhov:
Electronic continuum model for moleculardynamics simulations of biological molecules Journal of Chemical Theory and Computation 6 (2010) 1498. Kirby B.J., Jungwirth P.: Charge Scaling Manifesto: A Way of Reconciling the Inherently Macroscopic and Microscopic Natures of Molecular Simulations Journal of Physical Chemistry Letters 10 (2019) 7531. Duboué-Dijon E., Javanainen M., Delcroix P., Jungwirth P., Martinez-Seara H.: A practical guide to biologically-relevant molecular simulations with charge scaling for electronic polarization. Journal of Chemical Physics 153 (2020) 050901. |