Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 368)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Applications of graph theory in protein function prediction
Název práce v češtině: Aplikace teorie grafů v predikci funkce proteinů
Název v anglickém jazyce: Applications of graph theory in protein function prediction
Klíčová slova: predikce funkce proteinů, protein-protein interakce, protein-protein interakční sítě, teorie grafů, grafové algoritmy
Klíčová slova anglicky: protein functionprediction, protein-protein interactions, protein-protein interaction networks, graph theory, graph algorithms
Akademický rok vypsání: 2020/2021
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
Vedoucí / školitel: doc. Ing. et Ing. David Hartman, Ph.D. et Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
Datum přihlášení: 18.02.2021
Datum zadání: 18.02.2021
Datum odevzdání elektronické podoby:06.05.2021
Datum proběhlé obhajoby: 08.06.2021
Oponenti: RNDr. Miroslav Kratochvíl, Ph.D.
 
 
 
Seznam odborné literatury
Trinajstic, N. (2018). Chemical graph theory. Routledge.
Wagner, S., & Wang, H. (2018). Introduction to chemical graph theory. CRC Press.
Wiener, H.. Structural determination of paraffin boiling points. J. Am. Chem. Soc., 69:17–20, 1947.
Knor, M, Škrekovski, R., Tepeh. A. Mathematical aspects of Wiener index. Ars Mathematica Contemporanea 11, 327–352, 2016.
Předběžná náplň práce
Predikce funkce proteinů je jedno z hlavních témat výpočetní biologie s velkým využitím v medicíně a biotechnologiích. S rapidně rostoucím počtem osekvenovaných genomů a velkým počtem identifikovaných protein-kódujících regionů vyvstává problém identifikace funkce těchto proteinů. Díky in-sillico metodám jsme dnes schopni předpovídat protein-protein interakce. Analýza protein-protein interakčních sítí umožňuje identifikaci funkce proteinů na úrovni celých organismů, která zohledňuje informace z celého proteomu. Práce má za cíl rozebrat danou problematiku a prezentovat současné přístupy k představeným problémům.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Prediction of protein function is one of the main topics in computational biology with great use in medicine and biotechnology. With the rapidly growing number of sequenced genomes and a large number of identified protein-coding regions, the problem of identifying the function of these proteins arises. Thanks to in-silico methods, we are now able to predict protein-protein interactions. Analysis of protein-protein interaction networks allows the identification of protein function at the whole organism level, which takes into account information from the whole proteome. The work aims to analyze the topic and present current approaches to the problems presented.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK