Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 341)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Framework for retrieval and analysis of proteins apo and holo forms from PDB
Název práce v češtině: Framework pro získání a analýzu apo- a holo- form proteinů z PDB
Název v anglickém jazyce: Framework for retrieval and analysis of proteins apo and holo forms from PDB
Klíčová slova: protein; strukturní bioinformatika; PDB
Klíčová slova anglicky: protein; structural bioinforamtics; PDB
Akademický rok vypsání: 2020/2021
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
Vedoucí / školitel: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
Datum přihlášení: 07.01.2021
Datum zadání: 07.01.2021
Datum odevzdání elektronické podoby:05.05.2022
Datum odevzdání tištěné podoby:05.05.2022
Datum proběhlé obhajoby: 02.06.2022
Oponenti: Mgr. Marian Novotný, Ph.D.
 
 
 
Seznam odborné literatury
[1] Brylinski, Michal, and Jeffrey Skolnick. "What is the relationship between the global structures of apo and holo proteins?." Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 70.2 (2008): 363-377.
[2] Hayward, Steven. "Structural principles governing domain motions in proteins." Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 36.4 (1999): 425-435.
Předběžná náplň práce
Cílem práce je vývoj softwarového frameworku, který umožní analýzu apo a holo form proteinů, které jsou přístupné v PDB. Tento framework bude schopen stáhnout aktuální verzi PDB, rozdělit struktury do skupin stejných molekul a tyto pak rozdělit na apo- a holo- formy. Následně bude možné analyzovat páry apo- a holo- struktur s ohledem na jejich rozdílné strukturní charakteristiky. Kromě samotného softwarového díla a jeho popisu bude práce obsahovat i výstupy analýzy na aktuální verzi dat v PDB.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK