Molekulární aberace u testikulárních germinálních nádorů a jejich význam v nádorové patogenezi a klinické praxi

• Název práce v češtině: Molekulární aberace u testikulárních germinálních nádorů a jejich význam v nádorové patogenezi a klinické praxi
• Název v anglickém jazyce: Molecular aberrations in testicular germ cell tumors and their significance in tumor pathogenesis and clinical practice
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra antropologie a genetiky člověka (31-110)
• Vedoucí / školitel: doc. MUDr. Ludmila Boublíková, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
• Datum přihlášení: 01.12.2020
• Datum zadání: 01.12.2020
• Datum odevzdání elektronické podoby: 10.08.2022
• Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2022
• Oponenti: Ing. Veronika Vymetálková, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Testikulární germinální nádory (TGCT) jsou celkově vzácné, ale současně jsou nejčastějšími solidními nádory u mladých dospělých mužů a nejčastější příčinou úmrtí na zhoubné nádory v této věkové skupině 18 - 35 let. Od ostatních solidních nádorů dospělých se liší jiným původem a biologickými vlastnostmi, což se promítá i do jejich klinického chování. Jsou vysoce citlivé na chemoterapii na bázi cisplatiny, u některých ale dochází ke vzniku rezistence na toto cytostatikum, což vede k selhání léčby a úmrtí. O molekulárně-biologických vlastnostech těchto nádorů a jejich roli v patogenezi a při vzniku cisplatinové rezistence se toho zatím mnoho neví, a na rozdíl od většiny ostatních nádorů se u nich v klinické praxi zatím neuplatňuje žádná molekulární klasifikace ani cílená léčba.
Podstatou tohoto projektu je vyšetřování molekulárních aberací metodou celoexomového sekvenování ve vzorcích primárních nádorů, viabilních metastáz odoperovaných po léčbě cisplatinou a cirkulující volné nádorové DNA v plazmě odebrané v době relapsu či progrese onemocnění s cílem identifikovat ty aberace, které mohou souviset s vývojem onemocnění a jeho odpovědí na léčbu. Funkční význam vybraných aberací může být dále ověřen in vitro na testikulárních buněčných liniích.
Projekt navazuje na podobné projekty již dříve řešené v rámci TGCT pracovní skupiny ve spolupráci laboratoří CLIP - Molekulární genetika Kliniky dětské hematologie a onkologie 2. LF UK a FN Motol a Onkologické kliniky 1. LF a Thomayerovy nemocnice v Krči, kde dlouhodobě funguje Centrum pro léčbu TGCT. Projekt je schválený etickou komisí nemocnice, po získání informovaného souhlasu jsou pacienti s pokročilým TGCT zařazováni do studie a jejich vzorky průběžně odebírány a zařazovány do biobanky. V současné době jsou v biobance shromážděny vzorky od cca 20 pacientů (v průměru 5 vzorků od jednoho pacienta), další pacienti a jejich vzorky jsou zařazovány prospektivně, kolem 5 - 10 pacientů ročně. Veškerá metodika projektu je zavedená a standardně používaná. Projekt je finančně podporován interními granty zúčastněných pracovišť. Studentka se bude po zaučení podílet na celém procesu zpracování vzorků, tj. jejich vstupním třídění a archivaci, extrakci DNA a cfDNA ze zmražených vzorků i FFPE vzorků, hodnocení kvality DNA/cfDNA, přípravě knihoven a vlastním sekvenování vzorků, analýze výsledků sekvenování, filtraci a anotaci výsledků a jejich klinické interpretaci, přípravě a prezentaci výsledků. Výsledky projektu by měly přinést nové informace o molekulárním charakteru těchto nádorů a přispět ke zlepšení diagnostiky a léčby pacientů s TGCT.