Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 336)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Molekulové simulace acidobazického chování oligopeptidů
Název práce v češtině: Molekulové simulace acidobazického chování oligopeptidů
Název v anglickém jazyce: Molecular simulations of acid-base properties of oligopeptides
Klíčová slova: kyselina, báze, peptid, simulace, pH
Klíčová slova anglicky: acid, base, peptide, simulation, pH
Akademický rok vypsání: 2020/2021
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: čeština
Ústav: Katedra fyzikální a makromol. chemie (31-260)
Vedoucí / školitel: RNDr. Peter Košovan, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
Datum přihlášení: 18.11.2020
Datum zadání: 18.11.2020
Datum odevzdání elektronické podoby:06.01.2022
Datum odevzdání tištěné podoby:07.01.2022
Datum proběhlé obhajoby: 11.02.2022
Oponenti: Ing. Lucie Nová, Ph.D.
 
 
 
Seznam odborné literatury
See the shared document below (updated continuously):
https://docs.google.com/document/d/1tAvLGV8KBtYxbhrl5FXExDZ8-vFEFLxTaxJKcdl157M/edit?usp=sharing
Předběžná náplň práce
Slabé polyamfolyty jsou molekuly složené z většího počtu opakujících se jednotek, které obsahují slabě kyselé a slabě bazické disociovatelné skupiny.
Syntetické polyamfolyty se používají v různých pH-responzivních systémech, které se využívají například pro cílené uvolňování léčiv.
Příklady přírodních amfolytů jsou peptidy a proteiny.
Náplní této bakalářské práce bude studium acidobazických rovnováh a disociačního chování modelových slabých amfolytů.
Konkrétně se bude jednat o krátké peptidové sekvence (cca 10 aminokyselin), jejichž chování je experimentálně studováno v naší výzkumné skupině, nebo syntetických polyamfolytů, např. poly(dehydroalanin) sutdovaný ve spolupracující skupině prof. F. Schacher na univerzitě v Jeně.
Student bude provádět molekulové simulace slabých amfolytů v constant-pH souboru pomocí simulačního programu Espresso za použití zhrubených modelů vyvinutých dříve v naší výzkumné skupině.
Náplní práce bude taky statistické zpracování a analýzu výsledků, které budou následně interpretovány ve spolupráci se školitelem.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Weak ampholytes are molecules consisting of several repeating units which contain weakly acidic or weakly basic dissociable groups.
Synthetic polyampholytes are found in various pH-responsive systems which can be used for example in controlled release applications.
Examples of natural ampholytes include peptides and proteins.
The goal of this bachelor thesis is to investigate acid-base equilibria and dissociation behaviour of model ampholytes.
Specifically, we will consider short peptide sequences (up to 10 amino acids), or synthetic polyampholytes.
The former type of molecules is being investigated experimentally in our research group.
The latter type includes for example poly(dehydroalanine) which is being investigated by our collaborators at the univesity of Jena.
The student's main tasks will comprise carrying out molecular simulations of weak ampholytes in the constant-pH ensemble using the simulation software Espresso and using coarse-grained models of ampholytes previously developed in our research group.
Furthermore, the tasks will include statistical analysis and processing of the simulation results, which will be subsequently interpreted in collaboration with the supervisor.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK