Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Streptococcus pneumoniae
Název práce v češtině: | Porovnání různých molekulárně-biologických přístupů pro detekci přítomnosti DNA patogenní bakterie Streptococcus pneumoniae |
---|---|
Název v anglickém jazyce: | Comparison of different molecular-biological approaches for detecting the presence of DNA of the pathogenic bacterium Streptococcus pneumoniae |
Klíčová slova: | Streptococcus pneumoniae, polymerasová řetězová reakce (PCR), izotermální amplifikace DNA pomocí smyček (LAMP) |
Klíčová slova anglicky: | Streptococcus pneumoniae, polymerase chain reaction (PCR), loop mediated isothermal DNA amplification (LAMP) |
Akademický rok vypsání: | 2020/2021 |
Typ práce: | bakalářská práce |
Jazyk práce: | čeština |
Ústav: | Katedra biochemie (31-250) |
Vedoucí / školitel: | prof. RNDr. Markéta Martínková, Ph.D. |
Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
Datum přihlášení: | 13.11.2020 |
Datum zadání: | 16.11.2020 |
Datum odevzdání elektronické podoby: | 16.06.2021 |
Datum proběhlé obhajoby: | 27.07.2021 |
Oponenti: | prof. RNDr. Helena Ryšlavá, CSc. |
Konzultanti: | Mgr. Petr Jeřábek, Ph.D. |
Zásady pro vypracování |
Doporučené povinně-volitelné předměty MC250P07B Internet a bioinformatika nebo MC200P02 Základy metod charakterizace chemických látek Doporučené volitelné předměty MC250P21 Moderní metody výzkumu proteinů MC250P30 Bioinformatika |
Seznam odborné literatury |
Notomi, T., Okayama, H., Masubuchi, H., Yonekawa, T., Watanabe, K., Amino, N., and Hase, T. (2000) Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res.28, E63 Mori, Y., Nagamine, K., Tomita, N., and Notomi, T. (2001) Detection of loop-mediated isothermal amplification reaction by turbidity derived from magnesium pyrophosphate formation. Biochem. Biophys. Res. Commun.289, 150–154 Tomita, N., Mori, Y., Kanda, H., and Notomi, T. (2008) Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products. Nat Protoc.3, 877–882 |
Předběžná náplň práce |
Součástí bakalářské práce bude vyhledání dosavadních poznatků o možnostech amplifikace daného úseku DNA v odborné literatuře. Budou porovnány různé molekulárně biologické přístupy detekce genu lytA bakterie Streptococcus pneumoniae. Konkrétně se zaměříme hlavně na výhody a nevýhody polymerázové řetězové reakce (z angl. polymerase chain reaction, PCR) a izotermální amplifikace pomocí smyček (z angl. isothermal loop mediated amplification, LAMP). |