Characterization molecular mechanisms causing intestinal cancer at single-cell level

• Název práce v češtině: Charakterizace molekulárních mechanismů způsobujících rakovinu střeva - analýza na úrovni jednotlivých buněk
• Název v anglickém jazyce: Characterization molecular mechanisms causing intestinal cancer at single-cell level
• Klíčová slova: kmenové buňky, střevní epitel, geneticky modifikované myši, organoidy, nádory
• Klíčová slova anglicky: stem cells, intestinal epithelium, genetically modified mice, organoids, tumors
• Akademický rok vypsání: 2020/2021
• Typ práce: disertační práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: RNDr. Vladimír Kořínek, CSc.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 06.10.2020
• Datum zadání: 06.10.2020

Seznam odborné literatury

1. Krausova M, Korinek V. Wnt signaling in adult intestinal stem cells and cancer. Cell Signal. 2014 Mar;26(3):570-9. doi: 10.1016/j.cellsig.2013.11.032
2. Hrckulak D, Janeckova L et al. Wnt Effector TCF4 Is Dispensable for Wnt Signaling in Human Cancer Cells. Genes (Basel). 2018 Sep 1;9(9). pii: E439. doi: 10.3390/genes9090439
3. Horazna M, Janeckova L et al. Msx1 loss suppresses formation of the ectopic crypts developed in the Apc-deficient small intestinal epithelium. Sci Rep. 2019 Feb 7;9(1):1629. doi: 10.1038/s41598-018-38310-y
4. Merenda A, Fenderico N et al. Wnt Signaling in 3D: Recent Advances in the Applications of Intestinal Organoids. Trends Cell Biol. 2019 Nov 9. pii:S0962-8924(19)30166-7. doi: 10.1016/j.tcb.2019.10.003

Předběžná náplň práce

Střevní karcinom je jedním z nejčastějších typů rakoviny v rozvinutých zemích. Střevní karcinomy se vyvíjejí působením řady mutačních změn, které vedou ke značné heterogenitě buněk nádoru. Předpokládá se, že nádory v iniciačních stádiích buněčné transformace tzv. mikroadenomy jsou složeny z aktivně proliferujících buněk, které jsou si na molekulární úrovni velmi podobné. Nicméně, naše nedávné výsledky však ukazují, že i časné neoplastické léze vytvořené v tlustém střevě experimentálních myší jsou složeny z mnoha buněčných populací připomínajících buněčné typy přítomné i ve zdravém epitelu. Naším cílem je odhalit molekulární mechanismy související s pozorovanou fenotypickou heterogenitou nádorových buněk tvořících tyto velmi malé nádory. Výzkumné téma zahrnuje práci s myšími transgenními modely, analýzu genové exprese na úrovni jednotlivých buněk a hodnocení epigenetického stavu nádorových buněk. Část studie bude provedena s použitím střevních organoidů získaných ze zdravé nebo nádorové tkáně.
Naše laboratoř hledá nového, vysoce motivovaného člena týmu se zájmem o biomedicínský výzkum. Případní zájemci by měli mít magisterský titul v buněčné a molekulární biologii, genetice nebo příbuzných oborech. Očekáváme, že potenciální kandidát je ochoten naučit se pokročilé výzkumné techniky, které zahrnují práci s myšími tkáněmi a vzorky pocházející z lidských nádorů. Nabízíme přátelské prostředí s výbornými pracovními podmínkami a slušné finanční ohodnocení.

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

Intestinal carcinoma is one of the most frequent types of cancer in Western countries. Intestinal carcinomas evolve throughout a series of mutational events that produce considerable tumor cell heterogeneity. It is presumed that tumors in the initiation stages of the tumorigenic process - so-called microadenomas - are composed of highly proliferative cells displaying similar molecular and cell biology features. However, our recent results indicate that even early neoplastic lesions formed in the colon of experimental mice are composed of highly heterogeneous cell populations reminding of cell types present in the healthy colon epithelium. We aim to reveal the molecular mechanisms related to the observed tumor cell phenotypic heterogeneity. The research includes work with mouse transgenic models, analysis of gene expression at the single-cell level, and evaluation of the tumor cell epigenetic status. A part of the study will be performed using intestinal organoids derived from healthy or tumor tissue.
Our laboratory is looking for a new, highly motivated team member with interest in biomedical research. The candidates should hold a Master degree in cellular and molecular biology, genetics or related fields. We expect that the prospective candidate is willing to learn advanced research techniques that include work with mouse tissues and human patient samples. We offer a friendly environment well-adjusted to the proposed research topic and decent financial conditions.