Tvorba a hodnocení kvality genomových assembly

• Název práce v češtině: Tvorba a hodnocení kvality genomových assembly
• Název v anglickém jazyce: Construction and quality assessment of the genome assemblies
• Klíčová slova: genomika, genomové assembly, bioinformatika, masivně paralelní sekvenování, kvalita assembly, algoritmus
• Klíčová slova anglicky: genomics, genome assembly, bioinformatics, High throughput sequencing, quality assembly, algorithm
• Akademický rok vypsání: 2019/2020
• Typ práce: bakalářská práce
• Jazyk práce: čeština
• Ústav: Katedra buněčné biologie (31-151)
• Vedoucí / školitel: Mgr. Roman Leontovyč, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 23.10.2019
• Datum zadání: 21.12.2019
• Datum odevzdání elektronické podoby: 04.06.2020
• Datum proběhlé obhajoby: 08.07.2020
• Oponenti: mgr Jiří Vorel

Předběžná náplň práce

Se snižující se cenovou dostupností sekvenačních technologií nové generace a narůstající výpočetní kapacitou se stává celogenomové sekvenování rutinním postupem ve výzkumu v oblasti molekulární biologie. V tuto chvíli existuje řada softwarových nástrojů pro skládání genomů ze sekvenačních dat (assembly). Předkládaná práce by měla shrnout poznatky o možnostech a postupech, jak hodnotit kvalitu výsledné assembly.