Modelování molekulární podobnosti pomocí fragmentů
| Název práce v češtině: | Modelování molekulární podobnosti pomocí fragmentů |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Modeling of fragment-based molecular similarity |
| Klíčová slova: | cheminformatika, molekulární reprezentace, virtuální screening |
| Klíčová slova anglicky: | cheminformatics, molecular representation, virtual screening |
| Akademický rok vypsání: | 2018/2019 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 08.02.2019 |
| Datum zadání: | 08.02.2019 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 27.03.2019 |
| Datum a čas obhajoby: | 05.09.2019 09:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 17.07.2019 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 19.07.2019 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 05.09.2019 |
| Oponenti: | RNDr. František Mráz, CSc. |
| Zásady pro vypracování |
| Podobnostní vyhledávání molekul je běžným úkolem chemické informatiky. Využití tzv. molekulárních otisků lze považovat za základní nástroj pro modelování molekulární podobnosti. Otisky využívají reprezentace grafu molekulární struktury pomocí fragmentů. Současný trend je využívání poměrně úzké skupiny fragmentů. Důvodem je kromě obecně dobrých výsledků této skupiny i znalost chování takto definované podobnosti. Zároveň však existuje velký prostor pro optimalizaci použitých fragmentů dle zadaného dotazu a prohledávané databáze.
Cílem práce je návrh a implementace modelu, jenž by umožnil zachytit molekulární podobnost modelovanou pomocí různých skupin fragmentů. Model by měl být navržen s ohledem na jeho následnou analýzu, vysvětlení podobnostních vztahů molekul a možná rozšíření v budoucnu. Součástí práce pak bude nejen samotná implementace modelu a jeho analýza, ale i jeho vyhodnocení na reálných datových sadách a porovnání s vybranými přístupy strojového učení. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender. Handbook of Chemoinformatics Algorithms. Chapman and Hall/CRC; 1 edition, April 21, 2010
[2] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 [3] Sereina Riniker, Gregory A Landrum. Open-source platform to benchmark fingerprints for ligand-based virtual screening, Journal of Cheminformatics, 2013 [4] Petr Škoda, David Hoksza. Exploration of Topological Torsion Fingerprints, BIBM Workshop on Health Informatics and Data Science (HI-DS), Washington, USA, IEEE, 2015 |