Ubiquitin-proteasome system in studies of its inhibition and its utilization in the cell-based assay measuring viral protease activity
Název práce v češtině: | Ubikvitin-proteazomální systém ve studiích jeho inhibice a jeho využití v buněčné eseji měřící aktivitu virové proteázy |
---|---|
Název v anglickém jazyce: | Ubiquitin-proteasome system in studies of its inhibition and its utilization in the cell-based assay measuring viral protease activity |
Klíčová slova: | Ubikvitin-proteazomální systém, flavivirové proteázy, Zika virus, inhibice, fluorescenční proteiny |
Klíčová slova anglicky: | Ubiquitin-proteasome system, flaviviral proteases, Zika virus, inhibition, fluorescent proteins |
Akademický rok vypsání: | 2018/2019 |
Typ práce: | diplomová práce |
Jazyk práce: | angličtina |
Ústav: | Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140) |
Vedoucí / školitel: | RNDr. Taťána Majerová, Ph.D. |
Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
Datum přihlášení: | 12.11.2018 |
Datum zadání: | 17.12.2018 |
Datum odevzdání elektronické podoby: | 05.06.2020 |
Datum proběhlé obhajoby: | 10.07.2020 |
Oponenti: | Mgr. Lukáš Čermák, Ph.D. |
Předběžná náplň práce |
Cílem práce je klonování a testování reportérů pro flavivirové proteasy pro sledování jejich aktivity v buňkách a CRISPR/Cas9 screen za účelem identifikace buněčných cílů inhibitoru proteasomu. Experimentální práce zahrnuje přípravu konstruktů reportérové DNA pro testování aktivity flavivirových proteas v savčích buňkách a v bakteriích (návrh primerů, klonování, purifikace DNA), metody transformace a transdukce bakterií a transfekce savčích buněk a analýza buněk pomocí průtokové cytometrie, fluorescenční mikroskopie a Western blotu. CRISPR/Cas9 screen s inhibitorem ubiquitin-proteasomového systému bude použit jako příklad identifikace specifického buněčného cíle tohoto inhibitoru. Získané výsledky mohou být zveřejněny v našich odborných publikacích. |
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
The aim of this project is cloning and testing of reporters for cellular assays for flaviviral proteases and CRISPR/Cas9 konckout screen to identify cellular targets of a proteasomal inhibitor. The experimental work involves preparation of reporter DNA constructs for cell-based and bacterial assays of flaviviral proteases (design of primers, cloning, DNA purification), methods of bacterial transformation and transduction as well as transfection of mammalian cells and analysis of cells by flow cytometry, fluorescence microscopy and Western blotting. CRISPR/Cas9 knockout screen with an inhibitor of ubiquitin-proteasome will be used as an example of identification of a specific cellular target of this inhibitor. Obtained results can be reported in our scientific publications. |