Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 301)
Detail práce
  
Molecular dynamics study of admixture influence on structural properties and stability of fatty acid Langmuir monolayers
Název práce v češtině: Studium vlivu příměsí na strukturní vlastnosti a stabilitu Langmuirových monovrstev mastných kyselin pomocí molekulových simulací
Název v anglickém jazyce: Molecular dynamics study of admixture influence on structural properties and stability of fatty acid Langmuir monolayers
Klíčová slova: fenylalanin, palmitová kyselina, hydrofobní kolaps, organický film, rozhraní voda-vzduch, surfaktant
Klíčová slova anglicky: phenylalanine, palmitic acid, hydrophobic collapse, organic film, air-water interface, surfactant
Akademický rok vypsání: 2018/2019
Typ práce: rigorózní práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra makromolekulární fyziky (32-KMF)
Vedoucí / školitel: RNDr. Martina Roeselová, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 11.10.2018
Datum zadání: 11.10.2018
Datum potvrzení stud. oddělením: 11.10.2018
Datum a čas obhajoby: 11.06.2019 00:00
Datum odevzdání elektronické podoby:11.10.2018
Datum odevzdání tištěné podoby:11.10.2018
Datum proběhlé obhajoby: 11.06.2019
Zásady pro vypracování
1. Review the recommended literature, familiarize oneself with the research area of Langmuir monolayers and with relevant experimental techniques.
2. Acquaint oneself with the methods of molecular dynamics (MD) and with relevant programs (GROMACS, VMD).
3. Perform MD simulations of palmitic acid Langmuir monolayer with admixture of phenylalanine in various ratios on water subphase.
4. Analyze the simulation results, evaluate parameters characterizing structural properties of the mixed monolayer depending on the surface film density and the amount of phenylalanine present.
5. Compare MD simulation results with the experimental ones. On the basis of the MD results, evaluate the molecular level interpretation of the experimental findings in the work by Griffith et al.[1].
6. Time permitting, perform analogous study with a different type of admixture (e.g., polyaromatic hydrocarbons, haloalcanes etc.)
Seznam odborné literatury
1. Griffith, E. C.; Adams, E. M.; Allen, H. C.; Vaida, V.: Hydrophobic Collapse of a Stearic Acid Film by Adsorbed L-Phenylalanine at the Air−Water Interface, J. Phys. Chem. B 2012, 116, 7849−7857 and other relevant literature cited in the article
2. Allen, M. P.; Tildesley, D. J.: Computer Simulation of Liquids, Oxford University Press, New York, 1987
3. Frenkel, D.; Smit, B.: Understanding molecular simulation, From Algorithms to Applications, Academic Press, San Diego, 1990
4. Ulman, A. An Introduction to Ultrathin Organic Films, Academic Press, London, 1991
5. Henry, D. J.; Dewan, V. I.; Prime, E. L.; Qiao, G. G.; Solomon, D. H.; Yarovsky, I. J.: Monolayer Structure and Evaporation Resistance: A Molecular Dynamics Study of Octadecanol on Water, Phys. Chem. B 2010, 114, 3869−3878
6. Plazzer, M. B.; Henry, D. J.; Yiapanis, G.; Yarovsky, I. J.: Comparative Study of Commonly Used Molecular Dynamics Force Fields for Modeling Organic Monolayers on Water, J. Phys. Chem. B 2011, 115, 3964–3971
7. Sláčík, S.: Structural characterization of the interface between a fatty acid Langmuir monolayer and water using molecular simulations, bachelor thesis, MFF UK, Praha, 2011
8. Documentation to relevant computer programs
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK