Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 341)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Development of web-based interface for visualization of protein-ligand interaction sites and their conservation
Název práce v češtině: Vývoj webového rozhraní pro vizualizaci predikce protein-ligand interakčních míst a jejich konzervovanosti
Název v anglickém jazyce: Development of web-based interface for visualization of protein-ligand interaction sites and their conservation
Klíčová slova: bioinformatika; protein; protein-ligand interakce; GUI; web
Klíčová slova anglicky: bioinformatics; protein; protein-ligand interaction; GUI; web
Akademický rok vypsání: 2016/2017
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: angličtina
Ústav: Katedra softwarového inženýrství (32-KSI)
Vedoucí / školitel: doc. RNDr. David Hoksza, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd.
Datum přihlášení: 15.03.2017
Datum zadání: 15.03.2017
Datum potvrzení stud. oddělením: 30.03.2017
Datum a čas obhajoby: 20.06.2017 00:00
Datum odevzdání elektronické podoby:18.05.2017
Datum odevzdání tištěné podoby:18.05.2017
Datum proběhlé obhajoby: 20.06.2017
Oponenti: Mgr. Petr Škoda, Ph.D.
 
 
 
Zásady pro vypracování
Práce se bude zabývat vývojem webového nástroje pro vizualizaci predikce vazebných míst mezi proteiny a malými molekulami. Tyto tzv. protein-ligand interakce jsou zajímavé zejména proto, že většina v současnosti používaných léčiv jsou malé molekuly. Pro tuto úlohu byla na MFF vytvořena aplikace P2RANK. P2RANK je multiplatformní program, který se spouští z příkazové řádky. Na vstupu dostane název souboru a sadu parametrů a na výstupu vrátí seznam predikovaných protein-ligand vazebných míst spolu s Python skriptem pro vizualizaci v PyMolu. Cíle práce jsou dvojí - umožnit vizualizovat výsledky predikce v rámci nově vytvořeného webového rozhraní a současně zahrnout informaci o konzervovanosti jednotlivých residuí. Webové rozhraní bude umožňovat uživateli vidět predikovaná místa a interagovat s nimi. Pro možnost vizualizovat konzervovanost bude třeba vytvořit bioinformatickou pipelinu, která bude schopna tuto informaci pro vstupní molekulu vygenerovat a pak ji i vizualizovat v rámci rozhraní.
Seznam odborné literatury
[1] R. Krivák, D. Hoksza (2015) P2RANK: knowledge-based ligand binding site prediction using aggregated local features, AlCoB, Mexico City, Mexico, pp.: 41-52, Springer, ISBN: 978-3-319-21232-6
[2] R. Krivák, D. Hoksza (2015) Improving ligand-binding site prediction accuracy by classification of inner pocket points using local features. J. Cheminformatics 7(1), 12
[3] Liljas A., et al. (2009) Textbook Of Structural Biology, World Scientific Publishing Company
Předběžná náplň práce
The thesis will be focused on the development of a web-based tool for visualization of predictions between proteins and small molecules. These so-called protein-ligand interactions are of great interest because most of the currently used drugs are small molecules. Recently, a tool called P2RANK was developed for this task at FMP CU. P2RANK is a multiplatform application which can be run from command line. It takes a file name and a set of parameters on its input and returns a list of predicted protein-ligand interactions together with Python script for PyMol visualization. The goal of the thesis is twofold; to enable visualization of predictions in a newly developed web interface and also include conservation information about individual residues. The web interface will enable a user to see the predicted interactions and interact with them. In order to include conservation visualization, the student will develop a bioinformatics pipeline which will generate conservation information for an input molecule and visualize it in the interface.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK