Identification of small compounds disrupting protein-protein interaction in influenza A polymerase.
Název práce v češtině:
Identifikace sloučenin rozrušujících protein-proteinovou interakci u polymerasy viru chřipky.
Název v anglickém jazyce:
Identification of small compounds disrupting protein-protein interaction in influenza A polymerase.
Klíčová slova:
polymerasa viru chřipky, protein-proteinová interakce, vysokokapacitní testovací metoda pro hledání sloučenin, proteinová krystalografie, testovací metoda AlphaScreen, testovací metoda DIANA
Student vypracuje rešerši na téma protein-proteinová interakce mezi dvěma podjednotkami chřipkové RNA polymerasy jako potenciální cíl nových antivirotik. Student připraví rekombinantní protein pro testování látek rozrušujících protein-proteinovou interakci těchto dvou podjednotek. Následně bude tento protein krystalizovat v komplexu s nalezenými aktivními sloučeninami a pokusí se vyřešit případné 3D struktury pro zmapování způsobu vazby. Student se během vypracování práce seznámí s biofyzikálními metodami povrchové plasmonové resonance (SPR), rentgenové krystalografie, AlphaScreen, diferenční skenovací fluorimetrie (DSF).
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
Student will focus on protein-protein interaction between two subunits of influenza RNA polymerase which appears to be a promising drug target. Student will prepare recombinant protein and design high-throughput method for screening of small compounds disrupting this interaction. Student will further investigate 3D structure of complexes between protein and active compounds by X-ray crystallography for characterization of their binding mode. He will learn biophysical methods such as surface plasmon resonance (SPR), X-ray crystallography, AlphaScreen, differential scanning fluorimetry (DSF).
