Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti
| Název práce v češtině: | Platforma pro hodnocení efektivity molekulární podobnosti |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Platform for benchmarking efficiency of molecular similarities |
| Klíčová slova: | chemická informatika; molekulární podobnost; ligand-based virtuální screening; benchmarkování |
| Klíčová slova anglicky: | chemoinformatics; molecular similarity; ligand-based virtual screening; benchmarking |
| Akademický rok vypsání: | 2016/2017 |
| Typ práce: | bakalářská práce |
| Jazyk práce: | čeština |
| Ústav: | Katedra softwarového inženýrství (32-KSI) |
| Vedoucí / školitel: | Mgr. Petr Škoda, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno a potvrzeno stud. odd. |
| Datum přihlášení: | 03.11.2016 |
| Datum zadání: | 04.11.2016 |
| Datum potvrzení stud. oddělením: | 28.11.2016 |
| Datum a čas obhajoby: | 06.09.2017 00:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 21.07.2017 |
| Datum odevzdání tištěné podoby: | 21.07.2017 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 06.09.2017 |
| Oponenti: | Mgr. Radoslav Krivák, Ph.D. |
| Zásady pro vypracování |
| Ligand-based virtuální screening je jednou ze základních metod chemické informatiky pro předpověď molekulární aktivity. Tato metoda je založená na podobnostním principu, jenž dává do vztahu molekulární podobnost a aktivitu. Volba vhodné reprezentace a podobnostní funkce je tak základním předpokladem pro úspěšné použití ligand-based virtuálního screeningu. V současné době existuje řada různých reprezentací a podobnostních metod, nicméně chybí možnost jejich snadného porovnání.
Student navrhne a implementuje platformu pro hodnocení molekulárních reprezentací a podobnostních funkcí pro potřeby ligand-based virtual screeningu. Platforma bude splňovat zejména následující požadavky: 1) Možnost snadno přidat novou molekulární reprezentaci, podobnostní funkci a datovou sadu. 2) Spuštění testů na serveru i počítačové infrastruktuře. 3) Správa přes webové rozhraní. 4) Zobrazení a analýza výsledků. Funkčnost platformy bude demonstrována vyhodnocením výkonnosti vybraných molekulárních reprezentací na state-of-the art datových sadách. |
| Seznam odborné literatury |
| [1] Jean-Loup Faulon, Andreas Bender:Handbook of Chemoinformatics Algorithms, Chapman & Hall, 2010
[2] Johann Gasteiger, Thomas Engel: Chemoinformatics: A Textbook, Wiley, 2003 [3] Andrew R. Leach, V.J. Gillet. An Introduction to Chemoinformatics. Springer, October 12, 2007 |