Témata prací (Výběr práce)Témata prací (Výběr práce)(verze: 384)
Detail práce
   Přihlásit přes CAS
Geny antibiotické rezistence u půdních aktinobakterií
Název práce v češtině: Geny antibiotické rezistence u půdních aktinobakterií
Název v anglickém jazyce: Antibiotic rezistance genes in soil actinobacteria
Klíčová slova: rezistence; Actinobacteria; půdní DNA; PCR; qPCR
Klíčová slova anglicky: resistance; Actinobacteria; soil DNA; PCR; qPCR
Akademický rok vypsání: 2015/2016
Typ práce: bakalářská práce
Jazyk práce: čeština
Ústav: Katedra genetiky a mikrobiologie (31-140)
Vedoucí / školitel: Ing. Jan Kopecký, Ph.D.
Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem, čeká na schválení garantem
Datum přihlášení: 13.11.2015
Datum zadání: 15.11.2015
Datum odevzdání elektronické podoby:12.05.2016
Datum proběhlé obhajoby: 06.06.2016
Oponenti: RNDr. Irena Lichá, CSc.
 
 
 
Konzultanti: doc. RNDr. Markéta Marečková, prom. biol., Ph.D.
Předběžná náplň práce
Cílem práce je shromáždit a analyzovat data pro navržení a ověření sady primerů vhodných pro sekvenování i kvantifikaci vybraných typů rezistenčních genů aktinobakterií ve vzorcích environmentální DNA izolovaných z půdy nebo rostlinného opadu. Budou vybrány geny kódující experimentálně prokázanou rezistenci vůči v přírodním prostředí nejčastějším skupinám antibiotik. Bude vytvořena databáze sekvencí jednotlivých typů rezistenčních genů aktinobakterií obsahující kromě genů známé funkce i sekvence vyhledané na základě podobnosti. Pro vytvořené databáze sekvencí jednotlivých typů rezistenčních genů budou na základě jejich fylogenetické analýzy navrženy primery specifické pro jednotlivé typy. Navržené primery budou testovány in silico s využitím sekvenovaných genomů aktinobakterií a dalších sekvencí uložených v databázi GenBank.
Předběžná náplň práce v anglickém jazyce
The aim of the proposed work is to collect and analyze data for design and validation of a set of primers for sequencing and quantification of selected resistance genes of actinobacteria in environmental DNA samples isolated from soil and plant litter. Genes conferring a demonstrated resistance to the antibiotic groups most frequent in natural habitats will be selected. A database of resistance genes sequences in actinobacteria will be composed of all genes of the known function as well as of sequences selected based on homology. Primers specific for individual resistance gene groups will be designed based on the sequence datasets and their phylogenetic analyses. The designed primers will be tested in silico using actinobacterial genomic sequences and other sequences deposited in the GenBank database.
 
Univerzita Karlova | Informační systém UK