Trans-species polymorphism in selected innate immunity genes in tits (Paridae family)

• Název práce v češtině: Mezidruhový polymorfismus vybraných genů vrozené imunity u sýkor (Paridae)
• Název v anglickém jazyce: Trans-species polymorphism in selected innate immunity genes in tits (Paridae family)
• Klíčová slova: imunitní geny, introgrese, selekce, sdílená variabilita, TLR4, TLR5, trans-species polymorfismus, TSP, vrozená imunita
• Klíčová slova anglicky: immune genes, innate immunity, introgression, selection, shared variability, TLR4, TLR5, trans-species polymorphism, TSP
• Akademický rok vypsání: 2014/2015
• Typ práce: diplomová práce
• Jazyk práce: angličtina
• Ústav: Katedra zoologie (31-170)
• Vedoucí / školitel: doc. RNDr. Michal Vinkler, Ph.D.
• Řešitel: skrytý - zadáno vedoucím/školitelem
• Datum přihlášení: 14.10.2014
• Datum zadání: 14.10.2014
• Datum odevzdání elektronické podoby: 15.08.2016
• Datum odevzdání tištěné podoby: 15.08.2016
• Datum proběhlé obhajoby: 13.09.2016
• Oponenti: RNDr. Jan Štefka, Ph.D.
• Konzultanti: Mgr. Hana Velová, Ph.D.

Předběžná náplň práce

Hlavní cíle práce:
1. Popsat vnitrodruhový a mezidruhový polymorfismus u TLR4, TLR5 a u šesti neutrálních autozomálních markerů u 20 druhů sýkor
2. Identifikovat působení pozitivní selekce v TLR4 a TLR5 genech
3. Identifikovat pozitivně selektované pozice, které mohou ovlivňovat vazebné vlastnosti TLRs
4. Prozkoumat mezidruhový polymorfismus (TSP) v TLR4 a TLR5 genech a odlišit jej od dalších mechanismů, které vedou ke sdílenému polymorfismu
5. Detekovat genový tok a introgresi

Předběžná náplň práce v anglickém jazyce

The main aims of the thesis:
1. To describe intra- and interspecific polymorphism in TLR4, TLR5 and in six neutral autosomal markers in 20 tit species
2. To identify signature of positive selection in TLR4 and TLR5 genes
3. To identify positively selected residues which may affect binding properties of the TLRs
4. To investigate trans-species polymorphism (TSP) in TLR4 and TLR5 genes and to distinguish it from other mechanisms leading to shared polymorphism
5. To detect gene flow and introgression