Long Non-Coding RNAs in Oocyte-to-Embryo Transition
| Název práce v češtině: | Dlouhé nekódující RNA během přeměny vajíčka na embryo |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce: | Long Non-Coding RNAs in Oocyte-to-Embryo Transition |
| Klíčová slova: | lncRNA, oocyt, zygota |
| Klíčová slova anglicky: | lncRNA, oocyte, zygote |
| Akademický rok vypsání: | 2014/2015 |
| Typ práce: | disertační práce |
| Jazyk práce: | angličtina |
| Ústav: | Katedra buněčné biologie (31-151) |
| Vedoucí / školitel: | prof. Mgr. Petr Svoboda, Ph.D. |
| Řešitel: | skrytý - zadáno vedoucím/školitelem |
| Datum přihlášení: | 12.10.2014 |
| Datum zadání: | 12.10.2014 |
| Datum a čas obhajoby: | 10.12.2018 12:00 |
| Datum odevzdání elektronické podoby: | 02.10.2018 |
| Datum proběhlé obhajoby: | 10.12.2018 |
| Oponenti: | prof. Mgr. Štěpánka Vaňáčová, Ph.D. |
| Alena Shkumatava | |
| Předběžná náplň práce |
| Cílem projektu je studium role unikátní skupiny nekódujících RNA, takzvaných „dlouhých nekódujících RNA“ (lncRNA) v regulaci přerodu oocytu v zygotu (oocyte-zygote-transition = OZT). lncRNA jsou nedávno objevenou skupinou RNA molekul nekódujících proteiny, které jsou delší než 200 nukleotidů a většinou hrají roli regulačních molekul v široké škále biologických procesů. lncRNA jsou přepisované z různých genomických oblastí od intergenních sekvencí, přes introny až po antisense sekvence kódujících genů. lncRNA jsou součástí řady regulačních událostí v buňce, například aktivace a inaktivace genů nebo metabolismu RNA. S ohledem na možné funkce by lncRNA mohla hrát důležitou úlohu ve vysoce organizované regulaci OZT. Pro otestování této hypotézy nejprve vytvoříme katalog lncRNA exprimovaných v různých stádiích zrání oocytu a OZT (pomocí bioinformatické analýzy dostupných dat ze sekvenování RNA a expresních čipů). Vybrané lncRNA budou funkčně analyzovány vytvořením knock-out myší pomocí technologie TAL-efektor nukleáz (TALEN). Na základě získaného fenotypu budeme studovat molekulární mechanismus, jakým konkrétní lncRNA funguje.
Cíle: 1. Katalog lncRNA, které jsou specificky exprimované během vývoje oocytu a OZT. 2. Funkční analýza vybraných lncRNA |
| Předběžná náplň práce v anglickém jazyce |
| The aim of the project is analysis of lncRNAs, a unique group of non-coding RNAs, during oocyte-to-zygote transition (OZT) in mice. LncRNAs are recently discovered RNA molecules, which do not encode proteins, are longer than 200 nucleotides, and play roles in a variety of biological processes. LncRNAs are transcribed from different genomic regions - from intergenic regions to antisense sequences of protein-coding genes. Given the wide range of roles, lncRNAs likely contribute to highly complex OZT. To test this hypothesis, we will first produce a catalogue of lncRNAs expressed during OZT. This catalogue will be generated by bioinformatic analysis of deep sequencing and microarray data. Selected lncRNA candidates will be subsequently functionally analyzed using mouse knock-out models generated with the TALEN technology.
Goals: 1. Catalogue of lncRNAs expressed duirng OZT 2. functional analysis of selected candidates |